| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,343,622 | G→T | 13.4% | intergenic (+35/‑95) | USA300HOU_RS06640 → / → USA300TCH1516_01248 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,343,622 | 0 | G | T | 13.4% | 1111.7 / 115.7 | 353 | intergenic (+35/‑95) | USA300HOU_RS06640/USA300TCH1516_01248 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/169); new base T (13/35); total (149/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.72e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
ACATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACGGAGGTAT > USA300TCH1516_ALE/1343532‑1343711 | aCATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACAtg > 1:3189251/1‑91 (MQ=255) aTAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAtgtg < 1:1462641/91‑1 (MQ=255) tAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGa < 1:1395848/91‑1 (MQ=255) aaaTACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGaa > 2:2290921/1‑91 (MQ=255) aTACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGAAgg < 2:2039324/91‑1 (MQ=255) tACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGAAGGt < 2:2140504/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |