| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 99,276 | G→C | 14.7% | intergenic (+70/+2) | USA300HOU_RS00465 → / ← tetA_1 | hypothetical protein/Tetracycline resistance protein, class C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 99,276 | 0 | G | C | 14.7% | 803.4 / 113.5 | 279 | intergenic (+70/+2) | USA300HOU_RS00465/tetA_1 | hypothetical protein/Tetracycline resistance protein, class C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (121/117); new base C (20/21); total (141/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
AAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAA > USA300TCH1516_ALE/99186‑99366 | agaaaTGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACg < 2:689455/89‑1 (MQ=255) aaaaTGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACgg < 1:1906114/91‑1 (MQ=255) aaaTGATTTGAAGAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGt < 2:1498249/91‑1 (MQ=255) aaaTGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGt > 1:171867/1‑91 (MQ=255) aaaCGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTACGCCCATCGATAAATGATCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGt > 2:3814250/1‑91 (MQ=255) aaTGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTc > 1:2839209/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |