| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,430,691 | C→G | 7.1% | intergenic (+800/‑60) | ybiT → / → lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,430,691 | 0 | C | G | 7.1% | 781.2 / 38.0 | 224 | intergenic (+800/‑60) | ybiT/lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (120/88); new base G (8/8); total (128/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TTGTTGGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGCG > USA300TCH1516_ALE/1430601‑1430781 | ttgttgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGc < 2:3317858/91‑1 (MQ=255) gttgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCAt < 2:2281108/91‑1 (MQ=255) gttgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCAt > 1:2387566/1‑91 (MQ=255) gttgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCAt < 1:1877236/91‑1 (MQ=255) ggACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAATATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTcc < 2:3483463/91‑1 (MQ=255) ggACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTGAAAAAGAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTcc < 2:1918157/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |