Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,435,065 | C→G | 19.9% | A141G (GCT→GGT) | dapH → | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,435,065 | 0 | C | G | 19.9% | 418.5 / 33.4 | 155 | A141G (GCT→GGT) | dapH | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/80); new base G (30/2); total (73/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.24e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
CTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGA > USA300TCH1516_ALE/1434975‑1435155 | cTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGc < 1:1273525/91‑1 (MQ=255) cTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGc < 1:1273684/91‑1 (MQ=255) gTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTa > 1:540275/1‑91 (MQ=255) tCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGGTAc > 2:1184525/1‑91 (MQ=255) gTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACaa < 2:2538999/91‑1 (MQ=255) tATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGCTACCACt > 2:579864/1‑91 (MQ=255) 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gTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAg < 1:1815709/91‑1 (MQ=255) tcattGGCGAAGGTACAATGATTGATGTGAATGCTGCTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAGATGTAGGGGCTGGCGCAGt < 2:717659/88‑1 (MQ=255) cGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTa > 1:855170/1‑91 (MQ=255) gTTGGCGAAGGTAAAATGATTGATATGAGTGCTAATCTAGGTGGTCGTGATACAACTGGTAACACTGTAAACGTAGGGGCTGGCGCAGTAt > 1:3144057/1‑91 (MQ=255) ttGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGTTGGCGCAGTAtt < 1:3036965/91‑1 (MQ=255) ttGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTCGTATCATTGAAAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTAtt > 2:919286/1‑91 (MQ=255) tGGCGAGGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGGTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTa < 2:3057552/91‑1 (MQ=255) gCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGc > 2:738258/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |