| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,474,639 | C→G | 91.9% | A9129P (GCA→CCA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,474,639 | 0 | C | G | 91.9% | 666.9 / 34.2 | 195 | A9129P (GCA→CCA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/5); new base G (87/92); total (98/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTG > USA300TCH1516_ALE/1474549‑1474725 | ccGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCAACACGTTCATCACCATTTAATCCTTCTTTTGCATCTAAGACACTTTGAAGTGGtt > 2:3334375/2‑91 (MQ=255) aTGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTGCACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGAt < 1:3236953/91‑1 (MQ=255) aTGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGAt < 2:1150884/91‑1 (MQ=255) aTGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGAt < 1:1117471/91‑1 (MQ=255) aTGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGAt < 2:1502009/91‑1 (MQ=255) tGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTGATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATc < 2:3260109/91‑1 (MQ=255) tGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATc > 2:1322796/1‑91 (MQ=255) cgTCATGTTTACCTTTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGCTc < 2:3922910/90‑1 (MQ=255) gTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATcc < 1:2763653/91‑1 (MQ=255) gTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATcc < 2:2635054/91‑1 (MQ=255) gTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATcc > 1:2158625/1‑91 (MQ=255) gTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATcc < 2:449737/91‑1 (MQ=255) cATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCAc < 2:2919826/91‑1 (MQ=255) aTGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACt < 2:1770597/91‑1 (MQ=255) aTGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATCCACt > 2:2984984/1‑91 (MQ=255) tGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACtt < 2:2724446/91‑1 (MQ=255) gTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACttg < 1:3188121/91‑1 (MQ=255) gTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACttg < 2:235483/91‑1 (MQ=255) tttACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACttgt > 1:190237/1‑91 (MQ=255) tttACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACttgt > 1:2130439/1‑91 (MQ=255) ttACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACttgtt > 2:2415061/1‑91 (MQ=255) ttACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACttgtt > 2:2413014/1‑91 (MQ=255) ccATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCt < 1:3229579/91‑1 (MQ=255) cATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCtt > 2:457844/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATGTAAAATATTTTGTAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTCAtt > 2:1102226/1‑91 (MQ=255) tGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTc < 2:581221/91‑1 (MQ=255) gTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCg > 2:3382832/1‑91 (MQ=255) ttttAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGc < 1:3948894/91‑1 (MQ=255) ttAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAt > 1:3472251/1‑91 (MQ=255) ttAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAt < 1:1216644/91‑1 (MQ=255) ttAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCGTATTCGCAt < 1:1977085/91‑1 (MQ=255) tAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAtt < 1:700150/91‑1 (MQ=255) tAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAtt > 1:2069360/1‑91 (MQ=255) aGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAttt > 1:2510620/1‑91 (MQ=255) aGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAttt < 1:2087512/91‑1 (MQ=255) aGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATCCGCAttt > 2:2794940/1‑91 (MQ=255) gCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAtttt > 2:2440684/1‑91 (MQ=255) gCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAtttt < 1:456302/91‑1 (MQ=255) 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tcatcaCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACAtttt > 1:34003/1‑91 (MQ=255) tcatcaCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACAtttt > 2:3382389/1‑91 (MQ=255) catcaCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtc > 2:8385/1‑91 (MQ=255) catcaCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtc < 2:1109356/91‑1 (MQ=255) catcaCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtc > 2:2223060/1‑91 (MQ=255) catcaCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtc > 1:289204/1‑91 (MQ=255) atcaCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtca < 2:1854173/91‑1 (MQ=255) caCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTTGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagc > 2:1058821/1‑91 (MQ=255) caCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagc < 1:1667368/91‑1 (MQ=255) caCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagc < 1:2740552/91‑1 (MQ=255) aCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagca < 2:2841528/91‑1 (MQ=255) aCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCAATTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagaa > 2:1394485/1‑89 (MQ=255) cATTTGATGCTTGGTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatc < 2:1487400/91‑1 (MQ=255) cATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatc < 1:1934359/91‑1 (MQ=255) cATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatc < 1:959253/91‑1 (MQ=255) aTTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatca < 1:787204/91‑1 (MQ=255) 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tGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATa < 1:108872/91‑1 (MQ=255) gCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAg > 1:1311172/1‑91 (MQ=255) gCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAg < 2:2863115/91‑1 (MQ=255) gCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAg > 1:3113172/1‑91 (MQ=255) cTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGc > 2:427323/1‑91 (MQ=255) cTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGc > 2:101672/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCt < 2:3680949/91‑1 (MQ=255) ttGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATGTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCt < 2:134365/91‑1 (MQ=255) 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atTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGt > 1:2330035/1‑91 (MQ=255) atTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGt < 1:2415061/91‑1 (MQ=255) ttttGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGTATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGtt < 2:1219012/91‑1 (MQ=255) ttttGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGtt < 2:3751593/91‑1 (MQ=255) tttGAAGTGGTTGATCCACCTGTTACTTATTCGCCTTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGttt > 2:3442260/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTa > 2:3092447/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTa > 2:3091992/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTa > 2:1254616/1‑91 (MQ=255) gAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCACTACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATc > 1:1773451/1‑91 (MQ=255) gAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATc > 2:1125808/1‑91 (MQ=255) gAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATc > 2:2200666/1‑91 (MQ=255) aaGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCt > 1:230311/1‑91 (MQ=255) aGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTg > 1:2420959/1‑91 (MQ=255) aGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTg < 2:2499331/91‑1 (MQ=255) | GGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTG > USA300TCH1516_ALE/1474549‑1474725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |