| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,476,685 | T→A | 5.7% | M8447L (ATG→TTG) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,476,685 | 0 | T | A | 5.7% | 692.7 / 19.8 | 203 | M8447L (ATG→TTG) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (107/84); new base A (2/10); total (109/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.37e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
AGTTTTGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCTGTTTT > USA300TCH1516_ALE/1476595‑1476775 | aGTTTTGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCAt < 1:719462/91‑1 (MQ=255)aGTTTTGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCAt < 1:3249048/91‑1 (MQ=255) ttttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTg > 1:2092812/1‑91 (MQ=255) tttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGc < 2:2890607/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGc < 2:3613358/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGc < 2:2747450/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGc < 1:2849149/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGc < 2:1626036/91‑1 (MQ=255) ttgttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCt < 2:77739/91‑1 (MQ=255) ttgttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGca < 1:3828326/91‑2 (MQ=255) ttgttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCCTAAACCATGCATTGCt < 2:162855/91‑1 (MQ=255) gttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTg > 2:3641713/1‑91 (MQ=255) ttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTgg > 2:1391935/1‑91 (MQ=255) ttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTgg > 2:402312/1‑91 (MQ=255) gCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGCATGGtt < 2:1051194/91‑1 (MQ=255) tctGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTaa > 2:3403574/1‑91 (MQ=255) ctGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAg > 1:808430/1‑91 (MQ=255) ctGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGCATGGtttaa < 2:1911278/91‑4 (MQ=255) ttGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTa > 2:925814/1‑91 (MQ=255) ttGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTa < 2:866444/91‑1 (MQ=255) tCTTCGTTGATATTTTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCg < 2:3152373/91‑1 (MQ=255) cTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGc > 1:513139/1‑91 (MQ=255) ttCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCa > 2:3364434/1‑91 (MQ=255) cGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTGTTAAAACATGCCTTGCTTGGTTAAGCGTGTTCGTAtt > 2:1885580/1‑91 (MQ=255) cGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCAtt < 2:1990891/91‑1 (MQ=255) cGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCAtt > 1:2524095/1‑91 (MQ=255) cGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCAtt > 1:1096166/1‑91 (MQ=255) cGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCAtt < 2:875587/91‑1 (MQ=255) tGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTg > 1:1463703/1‑91 (MQ=255) atatatTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGtt > 1:3284882/1‑91 (MQ=255) atatTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCa > 2:3863785/1‑91 (MQ=255) tatttgctatttgcTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCaa > 1:193838/1‑91 (MQ=255) tttgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAAtt > 1:2991296/1‑91 (MQ=255) ttgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTCTCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTAGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAAtta > 2:3930538/1‑90 (MQ=255) ttgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTCCAGCGTATTCCCATTTTGTTCAAttt > 2:3424779/1‑91 (MQ=255) tgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtg > 1:2374686/1‑91 (MQ=255) gctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtga < 1:1711026/91‑1 (MQ=255) tatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtgatg < 2:1452135/91‑1 (MQ=255) tatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtgatg < 1:416892/91‑1 (MQ=255) atttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtgatga > 2:2550216/1‑91 (MQ=255) atttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtgatga < 2:3276486/91‑1 (MQ=255) tttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGaa < 1:1844171/91‑1 (MQ=255) tttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGaa < 1:2196495/91‑1 (MQ=255) tttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGaa > 1:318145/1‑91 (MQ=255) tgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACt > 2:3318795/1‑91 (MQ=255) tgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACt > 1:2248623/1‑91 (MQ=255) tgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTGGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACt > 2:843045/1‑91 (MQ=255) gctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTg > 2:1817865/1‑91 (MQ=255) gctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTg > 1:298764/1‑91 (MQ=255) tttAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGACTTCGCATTTTGCTCAAATTGATGAACTGCa > 2:1936716/1‑91 (MQ=255) ttAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAg > 1:1308041/1‑91 (MQ=255) ttAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAg > 1:2159288/1‑91 (MQ=255) tAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTGTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTATGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGt < 1:3670267/91‑1 (MQ=255) tAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGt > 1:2494182/1‑91 (MQ=255) tAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATCAACTGCAGt > 1:3782729/1‑91 (MQ=255) gctgcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTa > 2:1187900/1‑91 (MQ=255) tgcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTaaa > 1:3636984/1‑91 (MQ=255) gcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAg > 2:3963244/1‑91 (MQ=255) cGTTAGCTTGAATGCTCTGTCTTAAGCCATGCATGGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGt < 2:3268650/91‑1 (MQ=255) gTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGtt < 2:428292/91‑1 (MQ=255) tATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGc > 1:569995/1‑91 (MQ=255) tATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGc > 1:2049215/1‑91 (MQ=255) tATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGc > 1:2048521/1‑91 (MQ=255) aTCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCa < 2:2496014/91‑1 (MQ=255) tCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAg > 2:777093/1‑91 (MQ=255) tCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAg > 1:297078/1‑91 (MQ=255) cTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGc < 1:15574/91‑1 (MQ=255) ttGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTACAGCt < 1:2454335/91‑1 (MQ=255) tGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTg < 1:884190/91‑1 (MQ=255) gAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTAGTAAAGTTGCAGCTGt < 1:3376565/91‑1 (MQ=255) gAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGt < 1:2687714/91‑1 (MQ=255) aaTGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTa < 2:2678287/91‑1 (MQ=255) aTGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTaa < 1:96035/91‑1 (MQ=255) aTGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTACAGCTgcaa < 2:498262/91‑4 (MQ=255) aTGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTACAGCTgcaa < 1:2720891/91‑4 (MQ=255) tGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAAc < 1:1711556/91‑1 (MQ=255) gCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACt < 1:1030130/91‑1 (MQ=255) gCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACt < 1:23363/91‑1 (MQ=255) gactGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACtt > 1:1349049/3‑91 (MQ=255) ctGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTgg < 2:381857/91‑1 (MQ=255) ctGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTgg > 1:2898786/1‑91 (MQ=255) ctGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCACCTACTAAAGTCGCAGCTGTAACTTgg > 2:3423902/1‑91 (MQ=255) tGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGt < 1:1884036/91‑1 (MQ=255) tGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGt < 1:2786954/91‑1 (MQ=255) gTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTc < 2:2442620/91‑1 (MQ=255) gTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTc > 2:3479620/1‑91 (MQ=255) cTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCtt < 2:1871543/91‑1 (MQ=255) cTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCtt < 2:2717898/91‑1 (MQ=255) cTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCtt < 2:724195/91‑1 (MQ=255) tAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCtttt > 2:2337339/1‑91 (MQ=255) aaCCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTaa > 1:3529452/1‑91 (MQ=255) aaCCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTaa < 1:3018856/91‑1 (MQ=255) ccATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATg < 2:1329183/91‑1 (MQ=255) ccATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATg < 2:160268/91‑1 (MQ=255) ccATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATg < 2:160403/91‑1 (MQ=255) ccATGCATTGCTTAGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATg < 1:1011598/91‑1 (MQ=255) aTGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCt > 2:217750/1‑91 (MQ=255) agCAATGCATGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGACGAACTGCAGTTCCTAACGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAACGCTg > 2:944249/2‑91 (MQ=255) cATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCTGtt < 1:3419115/91‑1 (MQ=255) aTTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCTGttt > 2:2397074/1‑91 (MQ=255) | AGTTTTGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCTGTTTT > USA300TCH1516_ALE/1476595‑1476775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |