| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,487,340 | T→A | 5.6% | H4895L (CAT→CTT) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,487,340 | 0 | T | A | 5.6% | 588.4 / 15.6 | 176 | H4895L (CAT→CTT) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/72); new base A (7/3); total (101/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
GTACGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAG > USA300TCH1516_ALE/1487250‑1487430 | cGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCt > 1:377645/1‑91 (MQ=255) aTGCACCCATGGCGGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCaa < 2:592315/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCaa > 2:106850/1‑91 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCaa > 2:3735722/1‑91 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATCACCTTTATCGCTAACACCATTTCCACCTGCTACCCTTTGCGCTTGTTCAACTTGGTGCGTcca > 2:3228640/1‑89 (MQ=255) tGCACCCATTGTAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAg < 2:429769/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt > 2:862210/1‑91 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 2:2277237/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 2:930202/91‑1 (MQ=255) cACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGtt > 2:2973428/1‑91 (MQ=255) cACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGATTCAAGtt > 2:3427281/1‑91 (MQ=255) aCCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTg < 1:76990/91‑1 (MQ=255) aCCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTg < 2:1131806/91‑1 (MQ=255) cccATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGt > 2:2572948/1‑91 (MQ=255) cATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCt > 1:2642033/1‑91 (MQ=255) aTGGCAGTATTTAATGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCAGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtt < 1:2172928/91‑1 (MQ=255) tATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTaa > 2:1448693/1‑91 (MQ=255) tATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTaa > 1:1405263/1‑91 (MQ=255) tttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAAtt > 1:1310338/1‑91 (MQ=255) tttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGAAAtt > 1:963821/1‑91 (MQ=255) ttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATtg < 2:2044863/91‑1 (MQ=255) tAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATtgt < 2:1680158/91‑1 (MQ=255) aCGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTgtgt > 2:1978358/1‑91 (MQ=255) aCGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTgtgt > 1:3136996/1‑91 (MQ=255) aTTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAg > 1:2864400/1‑91 (MQ=255) ttACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGt < 1:1834006/91‑1 (MQ=255) ttACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGt < 2:2616870/91‑1 (MQ=255) tACCTTTATCTTTAACACCATTTATGCCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCACCTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGtt < 2:3673025/91‑1 (MQ=255) aCCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTa > 2:3146238/1‑91 (MQ=255) aCCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTa > 1:3611213/1‑91 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg > 2:1038402/1‑91 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg < 1:203417/91‑1 (MQ=255) cTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAgg < 1:2383516/91‑1 (MQ=255) ttATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTa < 2:2083131/91‑1 (MQ=255) tATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaa > 2:2415592/1‑91 (MQ=255) tATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaa > 1:3192667/1‑91 (MQ=255) aTCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaaa < 1:3604167/91‑1 (MQ=255) aTCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaaa > 2:334915/1‑91 (MQ=255) tCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAAc > 1:1922447/1‑91 (MQ=255) tCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAAc > 1:1922414/1‑91 (MQ=255) tttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCCAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCa > 2:1528479/1‑91 (MQ=255) tttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCa > 1:3099319/1‑91 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt > 1:3458317/1‑91 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt > 1:2270652/1‑91 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt < 2:3082944/91‑1 (MQ=255) aaCACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCa < 2:287123/91‑1 (MQ=255) aaCACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCa < 2:2096778/91‑1 (MQ=255) acacCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCaa > 1:593564/1‑91 (MQ=255) ccATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCg < 1:1025364/91‑1 (MQ=255) ccATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCg < 1:2201498/91‑1 (MQ=255) aTTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTa > 1:1946012/1‑91 (MQ=255) ttACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAtt > 1:3315752/1‑91 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAttt > 1:2765926/1‑91 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAttt < 1:1040660/91‑1 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAttt < 1:1616296/91‑1 (MQ=255) acacCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttg > 1:3876222/1‑91 (MQ=255) cacCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCCAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttgt > 2:3846917/1‑91 (MQ=255) cacCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttgt < 1:3079670/91‑1 (MQ=255) ccTGTTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGCTAGGTAAACCATCAATCGTATttgttg > 2:1375272/1‑91 (MQ=255) cTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGCTGCTTCCAGCTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTCTTTGTTGc > 2:3729152/1‑91 (MQ=255) cTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTATGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGc > 1:3685755/1‑91 (MQ=255) cTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGc > 1:1312712/1‑91 (MQ=255) cTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGc > 1:903760/1‑91 (MQ=255) cTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGc < 2:720089/91‑1 (MQ=255) cTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGc > 1:903793/1‑91 (MQ=255) cTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTCTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGc < 2:3548115/91‑1 (MQ=255) tGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCt > 2:1397350/1‑91 (MQ=255) aCATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATTAATCGTATTTGTTGCTGAAg > 2:2321455/1‑91 (MQ=255) aCATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAg > 1:2546817/1‑91 (MQ=255) aCATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAg < 2:326187/91‑1 (MQ=255) aCATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAg > 1:517760/1‑91 (MQ=255) aTTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtt < 1:2898839/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtt > 2:1267699/1‑91 (MQ=255) ttttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGACGttt > 1:1173059/1‑91 (MQ=255) ttttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGttt > 2:485095/1‑91 (MQ=255) ttttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGttt > 1:3837654/1‑91 (MQ=255) tttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtttt > 1:1030620/1‑91 (MQ=255) tGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCg > 1:438010/1‑91 (MQ=255) 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aaCTTGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAg > 1:573470/1‑91 (MQ=255) aCTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGt > 2:693316/1‑91 (MQ=255) aCTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGt < 1:2725860/91‑1 (MQ=255) aCTTGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGt > 2:1339326/1‑91 (MQ=255) aCTTGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGt > 1:2399193/1‑91 (MQ=255) aCTTGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGt > 2:157030/1‑91 (MQ=255) cTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTACTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGtt > 1:3665855/1‑91 (MQ=255) cTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGGAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGtt < 2:3895277/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |