| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,487,343 | T→A | 5.1% | K4894M (AAG→ATG) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,487,343 | 0 | T | A | 5.1% | 587.8 / 15.1 | 177 | K4894M (AAG→ATG) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (95/72); new base A (7/2); total (103/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAGCAC > USA300TCH1516_ALE/1487253‑1487433 | cGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCt > 1:377645/1‑91 (MQ=255) gTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCtt < 1:2029527/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCGGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCaa < 2:1586266/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCGGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCaa < 2:592315/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCaa > 2:3735722/1‑91 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa < 1:589171/91‑1 (MQ=255) tGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAg < 1:2062364/91‑1 (MQ=255) tGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAg < 2:54294/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 2:930202/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 2:2277237/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 1:1365954/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt > 2:862210/1‑91 (MQ=255) cACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGtt > 2:2973428/1‑91 (MQ=255) cACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGtc > 2:1230937/1‑90 (MQ=255) cACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGATTCAAGtt > 2:3427281/1‑91 (MQ=255) aCCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTg < 2:1131806/91‑1 (MQ=255) cccATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGt > 1:318404/1‑91 (MQ=255) cccATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGt > 2:2572948/1‑91 (MQ=255) cATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCt > 1:2642033/1‑91 (MQ=255) aTGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtt > 2:3410282/1‑91 (MQ=255) gTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTa < 2:106720/91‑1 (MQ=255) tATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTaa > 1:1405263/1‑91 (MQ=255) tATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTaa > 2:1448693/1‑91 (MQ=255) tATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTCGTCTTTTTGTaa > 2:1448713/1‑91 (MQ=255) tttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAAtt > 1:1310338/1‑91 (MQ=255) tAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATtgt < 2:1680097/91‑1 (MQ=255) aCGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTgtgt > 2:1978358/1‑91 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGtt > 1:940025/1‑91 (MQ=255) aTTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAg > 1:2864400/1‑91 (MQ=255) ttACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGt < 1:1834006/91‑1 (MQ=255) ttACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGt < 2:2616870/91‑1 (MQ=255) tACCTCTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGtt < 2:3643704/91‑1 (MQ=255) aCCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTa > 1:3611213/1‑91 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg < 1:77108/91‑1 (MQ=255) cTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAgg < 1:2383516/91‑1 (MQ=255) ttATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTa < 2:2083131/91‑1 (MQ=255) tATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaa > 2:2415592/1‑91 (MQ=255) tATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaa > 1:3192667/1‑91 (MQ=255) aTCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaaa < 1:3604167/91‑1 (MQ=255) aTCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaaa > 2:334915/1‑91 (MQ=255) aTCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaaa < 2:1284513/91‑1 (MQ=255) tCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAAc > 1:1922447/1‑91 (MQ=255) tttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCCAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCa > 2:1528479/1‑91 (MQ=255) tttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCa < 2:3238650/91‑1 (MQ=255) tttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCa > 1:3099319/1‑91 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt > 1:2270652/1‑91 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt < 2:3082944/91‑1 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt > 1:3458317/1‑91 (MQ=255) aaCACCTTTTACTCCTTCTTCATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGGGTTAAGTTAGGTAAACCATCa < 2:1010287/91‑1 (MQ=255) aaCACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCa < 2:287123/91‑1 (MQ=255) aaCACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCa < 2:2096778/91‑1 (MQ=255) ccATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCg < 1:1025364/91‑1 (MQ=255) ccATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCg > 2:45101/1‑91 (MQ=255) ccATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCg < 1:2201498/91‑1 (MQ=255) cATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTCACTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCCATCGt > 1:3165752/1‑91 (MQ=255) cATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGt > 2:1627055/1‑91 (MQ=255) aTTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTa > 1:1946012/1‑91 (MQ=255) ttACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAtt > 1:3315752/1‑91 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAttt < 1:1040660/91‑1 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAttt < 1:1616296/91‑1 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAttt > 1:2765926/1‑91 (MQ=255) acacCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttg > 1:3876222/1‑91 (MQ=255) cacCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCCAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttgt > 2:3846917/1‑91 (MQ=255) cacCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttgt < 1:3079670/91‑1 (MQ=255) acCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGCTAAACCATCAATCGTACttgtt > 2:3195128/1‑91 (MQ=255) cTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGCTGCTTCCAGCTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTCTTTGTTGc > 2:3729152/1‑91 (MQ=255) cTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGc > 1:903793/1‑91 (MQ=255) tGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCt < 2:3710779/91‑1 (MQ=255) tGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCt > 2:1397350/1‑91 (MQ=255) tGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTCGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCt < 1:3684940/91‑1 (MQ=255) tACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGaa > 1:974739/1‑91 (MQ=255) aCATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATTAATCGTATTTGTTGCTGAAg > 2:2321455/1‑91 (MQ=255) aCATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAg > 1:517760/1‑91 (MQ=255) aCATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAg < 2:326187/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtt < 1:2898839/91‑1 (MQ=255) ttttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGACGttt > 1:1173059/1‑91 (MQ=255) ttttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGttt < 1:3661967/91‑1 (MQ=255) ttttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGttt > 1:3837654/1‑91 (MQ=255) 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aTGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCa > 2:2220319/1‑91 (MQ=255) tGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAg > 2:2460488/1‑91 (MQ=255) gCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAGc > 2:1888592/1‑91 (MQ=255) cTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAGCa < 2:1676815/91‑1 (MQ=255) cTTCAAGTTGTCTTTTTGT‑ATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAGCAc > 2:148968/1‑91 (MQ=255) ttCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAGCAc > 1:561754/1‑91 (MQ=255) | CGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAGCAC > USA300TCH1516_ALE/1487253‑1487433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |