BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	1,502,422	C→G	6.5%	*464S (TGA→TCA)	norB_4 ←	Quinolone resistance protein NorB

Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	1,502,422	0	C	G	6.5%	755.4 / 33.1	214	*464S (TGA→TCA)	norB_4	Quinolone resistance protein NorB
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (93/107); new base G (9/5); total (102/112)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01

Only 100 of 223 total aligned reads displayed.

TTCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCA  >  USA300TCH1516_ALE/1502332‑1502512

ttCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATc                                                                                            <  2:568658/91‑1 (MQ=255)

ttCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATc                                                                                            <  2:3231682/91‑1 (MQ=255)

ttCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATc                                                                                            <  2:1295184/91‑1 (MQ=255)

 tCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATcg                                                                                           <  2:810801/91‑2 (MQ=255)

   aTTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATGATa                                                                                         <  2:2258315/91‑1 (MQ=255)

    tttAAAATAATGGCACATAAGGATCGGTTTATATTGTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATaa                                                                                        <  2:865389/91‑1 (MQ=255)

    tttAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATaa                                                                                        >  1:3808302/1‑91 (MQ=255)

       aaaaTAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATGATAATTg                                                                                     <  2:1745463/91‑1 (MQ=255)

       aaaaTAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTg                                                                                     <  2:626712/91‑1 (MQ=255)

       aaaaTAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTg                                                                                     >  1:2249845/1‑91 (MQ=255)

       aaaaTAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTg                                                                                     >  1:2159685/1‑91 (MQ=255)

         aataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAg                                                                                   <  1:1577538/91‑1 (MQ=255)

            aatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTAt                                                                                <  2:89350/91‑1 (MQ=255)

            aatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTAt                                                                                <  1:308614/91‑1 (MQ=255)

            aatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTAt                                                                                >  1:2529515/1‑91 (MQ=255)

             atGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATGATAATTGAgaatt                                                                               <  2:521204/91‑5 (MQ=255)

             atGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATc                                                                               >  1:3920814/1‑91 (MQ=255)

             atGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATc                                                                               >  1:1349280/1‑91 (MQ=255)

             atGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATc                                                                               >  2:1879274/1‑91 (MQ=255)

             atGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATc                                                                               >  1:824552/1‑91 (MQ=255)

              tGACACATAAGAATCGGTTTATATTGTTGTTGAATATTGTAGCGGCTTGTATGATTTCAATTTAATGCTCAATTATCATAATTGAGTATCg                                                                              <  2:662840/91‑1 (MQ=255)

               gACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGt                                                                             <  2:2998902/91‑1 (MQ=255)

                acacATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt                                                                            >  2:3086636/1‑91 (MQ=255)

                acacATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt                                                                            >  2:475655/1‑91 (MQ=255)

                 cacaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCGCAATTATCATAATTGAGTATCGttt                                                                           <  2:3656995/91‑1 (MQ=255)

                  acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt                                                                          >  2:3229486/1‑91 (MQ=255)

                  acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt                                                                          >  2:3386327/1‑91 (MQ=255)

                   caTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTg                                                                         >  2:3826024/1‑91 (MQ=255)

                    aTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGt                                                                        <  1:895189/91‑1 (MQ=255)

                     tAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGtt                                                                       <  1:1806584/91‑1 (MQ=255)

                     tAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGtt                                                                       <  1:1001988/91‑1 (MQ=255)

                     tAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGtt                                                                       <  1:2568675/91‑1 (MQ=255)

                     tAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGAGTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGTGTATCGTTTTGtt                                                                       <  2:1334134/91‑1 (MQ=255)

                      aaGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGttt                                                                      >  2:3621719/1‑91 (MQ=255)

                       aGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTa                                                                     <  1:484638/91‑1 (MQ=255)

                           tCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGca                                                                 >  2:534857/1‑91 (MQ=255)

                            cGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGcac                                                                >  2:1106315/1‑91 (MQ=255)

                            cGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGcac                                                                <  2:287098/91‑1 (MQ=255)

                             ggTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGcaca                                                               >  2:714435/1‑91 (MQ=255)

                             ggTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGcaca                                                               >  1:2113713/1‑91 (MQ=255)

                             ggTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCCCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGcaca                                                               <  1:3323816/91‑1 (MQ=255)

                              gTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACaa                                                              >  2:3461209/1‑91 (MQ=255)

                               tttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAg                                                             >  1:2625535/1‑91 (MQ=255)

                                ttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCTACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGt                                                            <  1:3663971/91‑1 (MQ=255)

                                 tataTTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTa                                                           <  2:2740447/91‑1 (MQ=255)

                                      ttttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACaaa                                                      >  1:3706004/1‑91 (MQ=255)

                                       tttGTTTTTTATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACaata                                                     >  2:2439040/1‑89 (MQ=255)

                                         tGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATg                                                   <  2:1621023/91‑1 (MQ=255)

                                           tttAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGAt                                                 <  1:2087691/91‑1 (MQ=255)

                                            ttAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATa                                                >  2:689167/1‑91 (MQ=255)

                                            ttAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAAAAAAATGATa                                                <  2:11886/91‑1 (MQ=255)

                                               atatTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACg                                             >  1:3098638/1‑91 (MQ=255)

                                                 atTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGaa                                           >  1:2536790/1‑91 (MQ=255)

                                                  ttGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAAt                                          <  1:3277738/91‑1 (MQ=255)

                                                  ttGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAAt                                          <  1:3278574/91‑1 (MQ=255)

                                                    gTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGa                                        >  2:819639/1‑91 (MQ=255)

                                                    gTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGa                                        >  2:72921/1‑91 (MQ=255)

                                                      aGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGata                                      >  2:626539/1‑91 (MQ=255)

                                                       gCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGataa                                     <  2:1079920/91‑1 (MQ=255)

                                                       gCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGataa                                     >  1:1411639/1‑91 (MQ=255)

                                                        cGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGataat                                    >  1:2801561/1‑91 (MQ=255)

                                                         gACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGataata                                   >  2:1586725/1‑91 (MQ=255)

                                                           cTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATAtt                                 <  2:3340988/91‑1 (MQ=255)

                                                           cTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATAtt                                 >  1:2193219/1‑91 (MQ=255)

                                                            ttGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTc                                <  2:2128805/91‑1 (MQ=255)

                                                             tGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTcc                               >  2:1120163/1‑91 (MQ=255)

                                                               tATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCa                             <  1:2549539/91‑1 (MQ=255)

                                                               tATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGCTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCa                             >  1:3947554/1‑91 (MQ=255)

                                                                aTGATTTTAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCAt                            >  2:3111594/1‑91 (MQ=255)

                                                                 tGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATa                           <  1:1782445/91‑1 (MQ=255)

                                                                   aTTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATAcc                         <  2:1279789/91‑1 (MQ=255)

                                                                   aTTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATGGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATAcc                         <  2:149919/91‑1 (MQ=255)

                                                                     ttCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTg                       <  1:3523257/91‑1 (MQ=255)

                                                                     ttCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTg                       >  1:1888732/1‑91 (MQ=255)

                                                                       cAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCa                     >  2:2641370/1‑91 (MQ=255)

                                                                       cAATTTAATTCGCACTTCTCATAATTGAGTACCGTTTGGTTTAGGCACAAGACACAAAATGATAACGAGTGATAATACTCCCATACCTGCa                     >  2:2373028/1‑91 (MQ=255)

                                                                        aaTTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCAt                    <  1:1483961/91‑1 (MQ=255)

                                                                        aaTTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCAt                    >  1:1514884/1‑91 (MQ=255)

                                                                        aaTTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCAt                    <  1:2456146/91‑1 (MQ=255)

                                                                         aTTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCAtt                   >  1:652594/1‑91 (MQ=255)

                                                                          tttAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCAttt                  >  2:2229302/1‑91 (MQ=255)

                                                                            tAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTaa                <  1:234006/91‑1 (MQ=255)

                                                                              aTTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAAcc              >  1:2919587/1‑91 (MQ=255)

                                                                              aTTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAAcc              <  1:1901640/91‑1 (MQ=255)

                                                                              aTTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAAcc              <  2:791467/91‑1 (MQ=255)

                                                                               ttCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCa             <  2:2628346/91‑1 (MQ=255)

                                                                                tctcAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCAt            <  2:1201184/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  tcAATTATGATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATaa          >  2:1649103/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  tcAATTATGATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATaa          >  1:204469/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  tcAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATaa          <  1:1166663/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     aTTATGATAATTGAGAATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc       >  1:133017/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     aTTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc       <  2:208153/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      ttATGATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCa      >  1:1662852/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       tATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCaa     <  1:2356668/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        aTCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAAt    >  2:2595090/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         tCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATc   >  2:422707/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         tCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATc   <  2:36961/91‑1 (MQ=255)

                                                                                         tCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATc   >  1:974329/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         tCATAATTGAGTATCGGTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGAGAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATc   <  2:3153291/91‑1 (MQ=255)

                                                                                          cATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCa  >  1:55882/1‑91 (MQ=255)

TTCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCA  >  USA300TCH1516_ALE/1502332‑1502512

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`