| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,526,532 | T→A | 7.2% | K471* (AAA→TAA) | dinG_1 ← | putative ATP‑dependent helicase DinG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,526,532 | 0 | T | A | 7.2% | 801.6 / 36.2 | 235 | K471* (AAA→TAA) | dinG_1 | putative ATP‑dependent helicase DinG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (100/118); new base A (6/11); total (106/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
ATTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCAAACAA > USA300TCH1516_ALE/1526442‑1526622 | aTTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAttt > 1:693519/1‑91 (MQ=255) ttttGCAAAATTCGCTCCCTTTCCAGTTGAACAATTGCCTTGAACAAATTTTCCTATTCGCTTTTACCAATCAAACCAATCTAATCTCTaa > 1:1731796/1‑91 (MQ=255) ttttCCAAAAGTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCGTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTaaa < 2:283855/91‑1 (MQ=255) tttCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTAAat < 2:2519930/91‑1 (MQ=255) ttCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTAata > 1:968247/1‑91 (MQ=255) ttCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTGTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTAata < 2:1078291/91‑1 (MQ=255) 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tatTTAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCaa < 2:2216634/91‑1 (MQ=255) tatTAAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCaa > 1:934190/1‑91 (MQ=255) tttAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATGCACTATACAATCATCAAAc > 2:345768/1‑91 (MQ=255) tttAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCAAAc > 2:1961412/1‑91 (MQ=255) tttAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCAAAc > 1:3095503/1‑91 (MQ=255) tAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCAAACaa > 2:769621/1‑91 (MQ=255) | ATTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCAAACAA > USA300TCH1516_ALE/1526442‑1526622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |