| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,540,018 | T→A | 6.1% | E43V (GAA→GTA) | ndk ← | Nucleoside diphosphate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,540,018 | 0 | T | A | 6.1% | 779.8 / 31.2 | 231 | E43V (GAA→GTA) | ndk | Nucleoside diphosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (109/108); new base A (3/11); total (112/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
ATTGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTA > USA300TCH1516_ALE/1539928‑1540108 | aTTGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGtt > 1:2815871/1‑91 (MQ=255)aTTGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGtt < 2:2852372/91‑1 (MQ=255)aTTGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGtt < 2:2470488/91‑1 (MQ=255) ttGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTc < 1:2050704/91‑1 (MQ=255) tGCGAGCACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTACAGCAAGTTcc < 2:3197814/91‑1 (MQ=255) tGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTcc < 1:2515914/91‑1 (MQ=255) gCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCa < 1:959857/91‑1 (MQ=255) gCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCa < 2:104378/91‑1 (MQ=255) cGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCAt < 2:2346384/91‑1 (MQ=255) cGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCAt > 2:2229200/1‑91 (MQ=255) gAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCAtt > 1:1017129/1‑91 (MQ=255) gAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCAtt > 1:2545590/1‑91 (MQ=255) gAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCAtt < 1:963526/91‑1 (MQ=255) gAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTACAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCCAAATGTGTTTCAGCAAGTTCCAtt > 2:3667915/1‑91 (MQ=255) aaCACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTg < 1:3576961/91‑1 (MQ=255) aaCACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTACCaatg < 1:1935999/91‑4 (MQ=255) acacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTgg < 2:1792084/91‑1 (MQ=255) cacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTACCAATgga < 1:54114/91‑2 (MQ=255) cacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTACCAATgga < 1:1449938/91‑2 (MQ=255) cacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTACCAATgga < 1:339925/91‑2 (MQ=255) cTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTAc > 1:315531/1‑91 (MQ=255) tGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACt < 1:1846735/91‑1 (MQ=255) tGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACt < 2:395170/91‑1 (MQ=255) tGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAACGGTTTGCCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACt < 1:3491270/91‑1 (MQ=255) ggTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACtt > 1:3615960/1‑91 (MQ=255) gTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTg < 2:2416107/91‑1 (MQ=255) gTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTg < 1:125532/91‑1 (MQ=255) tGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGc < 1:1749672/91‑1 (MQ=255) cTGATGT‑ATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCact > 2:973969/1‑89 (MQ=255) gATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTa < 2:233007/91‑1 (MQ=255) gATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTa < 1:1691394/91‑1 (MQ=255) gATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTa < 2:2089270/91‑1 (MQ=255) aTGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTag < 2:540966/91‑2 (MQ=255) taataaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAAttt > 1:2093771/1‑91 (MQ=255) taaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTacc > 1:1659830/1‑91 (MQ=255) aaTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccac < 2:294780/91‑1 (MQ=255) aTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccacc > 1:761425/1‑91 (MQ=255) aTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccacc > 1:2178062/1‑91 (MQ=255) aTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccacc > 1:3264714/1‑91 (MQ=255) aTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccacc < 1:3776248/91‑1 (MQ=255) tGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCg < 2:56816/91‑1 (MQ=255) gAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTACATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGa > 2:2900358/1‑91 (MQ=255) aTTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACaa > 1:710346/1‑91 (MQ=255) ttAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAg > 2:1669994/1‑91 (MQ=255) ttAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAg > 1:2670051/1‑91 (MQ=255) ttAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAg > 1:1402208/1‑91 (MQ=255) tAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGt > 2:745620/1‑91 (MQ=255) atttCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGtt > 2:2777847/4‑91 (MQ=255) aaaTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGtt > 2:1655932/1‑91 (MQ=255) aaTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGttt < 1:3105316/91‑1 (MQ=255) ttATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTc < 1:152006/91‑1 (MQ=255) tataAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTcc < 1:3018402/91‑1 (MQ=255) tataAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTcc > 1:241078/1‑91 (MQ=255) aaaTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCtttt < 2:383865/91‑1 (MQ=255) aaaTGGTTTACCTTGGGGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGGTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTCGTCCtttt > 2:485541/1‑91 (MQ=255) aaTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttc < 1:2929565/91‑1 (MQ=255) aTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttct < 1:1163222/91‑1 (MQ=255) aTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttct < 2:852204/91‑1 (MQ=255) ggTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttcttt > 2:2583487/1‑91 (MQ=255) ggTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttcttt < 1:3506392/91‑1 (MQ=255) gTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttctttc > 1:484912/1‑91 (MQ=255) gTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttctttc > 1:3361481/1‑91 (MQ=255) tttACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCa < 1:3890708/91‑1 (MQ=255) tttACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCa < 1:2287743/91‑1 (MQ=255) aCCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAAtt > 2:3793878/1‑91 (MQ=255) aCCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAAtt < 2:3709941/91‑1 (MQ=255) aCCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAAtt > 2:1503368/1‑91 (MQ=255) gtgtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGaa < 1:3764780/91‑1 (MQ=255) gtgtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGaa > 2:2910530/1‑91 (MQ=255) gtgtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGaa < 1:1077844/91‑1 (MQ=255) gtgtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGaa < 1:1157543/91‑1 (MQ=255) tgtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGaaa < 1:3910006/91‑1 (MQ=255) gtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTATCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAAt > 2:1637525/1‑91 (MQ=255) gtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAAt < 1:1573569/91‑1 (MQ=255) aCCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACt > 1:2201915/1‑91 (MQ=255) cATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTc > 2:156565/1‑91 (MQ=255) aTAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCa > 2:430153/1‑91 (MQ=255) tAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACtgtaa < 1:2295702/91‑5 (MQ=255) tAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCAc > 1:3314985/1‑91 (MQ=255) aaTGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCAcc > 2:2182233/1‑91 (MQ=255) aTGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCa > 2:520184/1‑91 (MQ=255) aTGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCa > 1:3663330/1‑91 (MQ=255) tgtgTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttctttc > 2:3377993/1‑68 (MQ=255) tgtgTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCaa < 2:3524491/91‑1 (MQ=255) gtgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAt < 2:3402228/91‑1 (MQ=255) gtgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAt > 2:3352623/1‑91 (MQ=255) tgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTACTTTCCCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAACTTACTTCACCAAtt > 2:1265798/1‑91 (MQ=255) tgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAtt < 2:3710809/91‑1 (MQ=255) gtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTa < 1:3701664/91‑1 (MQ=255) gtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTa < 1:2376270/91‑1 (MQ=255) gtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTa < 1:2857926/91‑1 (MQ=255) tttCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAg < 1:1032779/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc < 2:3763061/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc > 2:622400/1‑91 (MQ=255) cAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCt < 1:3090902/91‑1 (MQ=255) cAAGTACCAATGGAACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCt > 1:784596/1‑91 (MQ=255) aaGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCtt > 2:2008810/1‑91 (MQ=255) gTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTg > 1:3074728/1‑91 (MQ=255) tCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTa < 2:3897695/91‑1 (MQ=255) tCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTa < 1:2624985/91‑1 (MQ=255) | ATTGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTA > USA300TCH1516_ALE/1539928‑1540108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |