| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,542,906 | T→G | 5.3% | intergenic (‑408/+23) | USA300HOU_RS07525 ← / ← hup | hypothetical protein/DNA‑binding protein HU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,542,906 | 0 | T | G | 5.3% | 947.8 / 29.9 | 284 | intergenic (‑408/+23) | USA300HOU_RS07525/hup | hypothetical protein/DNA‑binding protein HU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (115/152); new base G (4/11); total (120/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
AAACAATGAATGTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTCAGGGCTTTTTAAGTAAAATTATTTTACAGCATCTTTTAATGCTTTACCAGCTTTGAATGCTGGAACTTTACTTGCTGGGATATCAA > USA300TCH1516_ALE/1542816‑1542996 | aaaCAATGAATGTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCtt < 1:776352/91‑1 (MQ=255)aaaCAATGAATGTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCtt > 2:1587963/1‑91 (MQ=255) aCAATGAATGTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTAt < 1:616017/91‑1 (MQ=255) aatgaatgTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTc > 2:854982/1‑91 (MQ=255) aatgaatgTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTc < 2:748266/91‑1 (MQ=255) aatgaatgTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTc < 1:2023136/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |