| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,542,910 | C→A | 5.4% | intergenic (‑412/+19) | USA300HOU_RS07525 ← / ← hup | hypothetical protein/DNA‑binding protein HU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,542,910 | 0 | C | A | 5.4% | 1016.8 / 29.5 | 286 | intergenic (‑412/+19) | USA300HOU_RS07525/hup | hypothetical protein/DNA‑binding protein HU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/154); new base A (5/11); total (121/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
AATGAATGTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTCAGGGCTTTTTAAGTAAAATTATTTTACAGCATCTTTTAATGCTTTACCAGCTTTGAATGCTGGAACTTTACTTGCTGGGATATCAATTT > USA300TCH1516_ALE/1542820‑1542999 | aatgaatgTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTc > 2:758180/1‑91 (MQ=255) atgaatgTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTCa < 1:1784588/91‑1 (MQ=255) atgaatgTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTCa < 2:3752624/91‑1 (MQ=255) atgaatgTTCCAAAGAGTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTCa < 2:3113240/91‑1 (MQ=255) tgaatgTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTCAg > 1:771251/1‑91 (MQ=255) gaatgTTCCAAAGATTAAAAACTTAGAAGAACATTACAATTTATGTACAGGTTGTAAGTATTAAAAGCAAAATAAAAAGCCCTTATTCAgg < 1:2140163/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |