| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,615,301 | T→A | 6.8% | intergenic (‑31/+18) | xerD_3 ← / ← fur | Tyrosine recombinase XerD/Ferric uptake regulation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,615,301 | 0 | T | A | 6.8% | 742.5 / 33.0 | 219 | intergenic (‑31/+18) | xerD_3/fur | Tyrosine recombinase XerD/Ferric uptake regulation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/88); new base A (6/9); total (122/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
AGAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTAAA > USA300TCH1516_ALE/1615211‑1615390 | gAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAAtt < 2:725902/91‑1 (MQ=255) aaCTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAAttt > 2:1984738/1‑91 (MQ=255) cTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTaa > 2:1795371/1‑91 (MQ=255) ttAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAAc > 1:199706/1‑91 (MQ=255) ttAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAAc > 1:3775380/1‑91 (MQ=255) ttAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAAc > 1:1945899/1‑91 (MQ=255) tAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAAcc < 1:549488/91‑1 (MQ=255) aGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCt > 1:297484/1‑91 (MQ=255) aGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCt > 2:940022/1‑91 (MQ=255) gTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCtt < 2:2819214/91‑2 (MQ=255) gTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTa > 1:1775881/1‑91 (MQ=255) gTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTa < 1:3253918/91‑1 (MQ=255) gTCCATTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAATCTa > 1:3115567/1‑91 (MQ=255) tCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCttc < 2:1735870/91‑3 (MQ=255) tCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTAc < 1:699227/91‑1 (MQ=255) tCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTAc < 1:2566634/91‑1 (MQ=255) ccTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACg > 1:267589/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCTTCGc < 1:433312/91‑1 (MQ=255) tttttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCa > 2:3333210/1‑91 (MQ=255) ttttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCGAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCaa > 1:3364208/1‑91 (MQ=255) ttttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTATAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCaa < 2:3854157/91‑1 (MQ=255) tttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAAGAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCTTCGcttt < 1:3500615/91‑4 (MQ=38) cAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTa < 1:3190849/91‑1 (MQ=255) tttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTa > 2:143044/1‑91 (MQ=255) tttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTa > 1:2896119/1‑91 (MQ=255) ttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTAt > 1:1220349/1‑91 (MQ=255) ttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTAt > 1:1220015/1‑91 (MQ=255) ttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTAt > 2:3710977/1‑91 (MQ=255) tGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATc > 2:33990/1‑91 (MQ=255) tGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATc > 1:2316438/1‑91 (MQ=255) tGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATc < 2:3800568/91‑1 (MQ=255) gTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcc < 1:3829703/91‑1 (MQ=255) gTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcc > 2:2578911/1‑91 (MQ=255) gTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcc < 2:1474048/91‑1 (MQ=255) ataAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctt < 1:1613796/91‑1 (MQ=255) taAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATccttt > 1:2301273/1‑91 (MQ=255) aaaaaCGCAAATATTCTTCAATAATTGTATCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATccttt < 2:2141303/90‑1 (MQ=255) aaaaCGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATccttta > 1:1489968/1‑91 (MQ=255) aaaaCGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATATACTATccttta > 1:1490609/1‑91 (MQ=255) aaaCGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttac > 2:970946/1‑91 (MQ=255) aaCGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacc < 1:1817841/91‑1 (MQ=255) gCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttaccttt < 2:508740/91‑1 (MQ=255) gCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttaccttt > 2:1044383/1‑91 (MQ=255) atatTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCt < 1:1066551/91‑1 (MQ=255) atTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTg > 2:3487681/1‑91 (MQ=255) atTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTg > 1:262238/1‑91 (MQ=255) tcttcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAACAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGc > 2:274933/1‑91 (MQ=255) cttcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCa < 2:3039702/91‑1 (MQ=255) cttcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCa > 1:2305795/1‑91 (MQ=255) tcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACg < 1:3452157/91‑1 (MQ=255) ataatTGTTTCCATTACCACACCGCTAAAATGATCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGttt < 2:341667/91‑1 (MQ=255) ataatTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGttt < 2:1732274/91‑1 (MQ=255) taatTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTc > 2:1093672/1‑91 (MQ=255) tGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacac > 1:2435144/1‑91 (MQ=255) ggtgtCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTGACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacac < 2:2558350/87‑1 (MQ=255) gTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacaca > 1:2730869/1‑91 (MQ=255) tttCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacacac < 1:1787006/91‑1 (MQ=255) ttCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacacaca < 2:2491407/91‑1 (MQ=255) ttCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacacaca < 1:1170480/91‑1 (MQ=255) tCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCacacacac > 2:413400/1‑91 (MQ=255) tCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCacacacac < 2:3945522/91‑1 (MQ=255) ccATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACAcc < 1:795106/91‑1 (MQ=255) ccATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACAcc > 1:820435/1‑91 (MQ=255) aTAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCAt > 1:1831007/1‑91 (MQ=255) aaCCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATgg < 2:834106/91‑1 (MQ=255) aaCCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATgg < 2:126748/91‑1 (MQ=255) aCCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGa > 1:529012/1‑91 (MQ=255) ccACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGaa > 1:1385464/1‑91 (MQ=255) ccACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGaa > 1:868010/1‑91 (MQ=255) cacaCCTCTAATAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTGGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGaaa < 2:54862/91‑1 (MQ=255) acacCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAg < 1:962757/91‑1 (MQ=255) acacCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAg < 1:3642128/91‑1 (MQ=255) ccTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTa > 2:598430/1‑91 (MQ=255) ccTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTa > 1:3384274/1‑91 (MQ=255) tctAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTaaa > 2:2255337/1‑91 (MQ=255) ctAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAAc > 1:2551714/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACg < 2:57949/91‑1 (MQ=255) aGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCt < 2:1955273/91‑1 (MQ=255) aGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCt > 2:3144917/1‑91 (MQ=255) aGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCt > 2:3300393/1‑91 (MQ=255) gcgtaGGTTAAATTAACCTTCGCAATTTACTAACCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTa > 2:3878421/5‑91 (MQ=255) cgtaGGTTAAATTAACCTTCGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTaa > 1:75294/4‑91 (MQ=255) cGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTaa > 2:694484/1‑91 (MQ=255) cGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTaa < 1:2214150/91‑1 (MQ=255) cGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTaa > 2:1462938/1‑91 (MQ=255) aaGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTaaaa > 1:2014914/1‑91 (MQ=255) aGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAt > 2:869021/1‑91 (MQ=255) aGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAt < 2:485899/91‑1 (MQ=255) ggTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtt < 2:1772556/91‑1 (MQ=255) ggTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtt > 1:185925/1‑91 (MQ=255) ggTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtt > 1:2111898/1‑91 (MQ=255) ggTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtt < 1:3544215/91‑1 (MQ=255) ggTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtt < 2:1531581/91‑1 (MQ=255) ttAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtttt < 1:3705055/91‑1 (MQ=255) ttAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtttt < 2:2950793/91‑1 (MQ=255) ttAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtttt < 2:1999281/91‑1 (MQ=255) ttAAATTAACCTTCGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtttt > 1:19314/1‑91 (MQ=255) ttAAATTAACCTTCGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtttt > 1:487864/1‑91 (MQ=255) aaTTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTaa < 1:2843661/91‑1 (MQ=255) aaTTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTaa > 1:1112056/1‑91 (MQ=255) | AGAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTAAA > USA300TCH1516_ALE/1615211‑1615390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |