| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,615,309 | A→T | 5.6% | intergenic (‑39/+10) | xerD_3 ← / ← fur | Tyrosine recombinase XerD/Ferric uptake regulation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,615,309 | 0 | A | T | 5.6% | 665.0 / 21.7 | 197 | intergenic (‑39/+10) | xerD_3/fur | Tyrosine recombinase XerD/Ferric uptake regulation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (102/84); new base T (7/4); total (109/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTAAAATTGAACTC > USA300TCH1516_ALE/1615219‑1615399 | tCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTAc < 1:699227/91‑1 (MQ=255) tCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTAc < 1:2566634/91‑1 (MQ=255) ccTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCTTCg < 2:3348423/91‑1 (MQ=255) ccTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACg > 1:267589/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCTTCGc < 1:433312/91‑1 (MQ=255) cTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGc < 1:2738276/91‑1 (MQ=255) ttttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCaa < 1:3906774/91‑1 (MQ=255) ttttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCGAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCaa > 1:3364208/1‑91 (MQ=255) tttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAAGAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCTTCGcttt < 1:3500615/91‑4 (MQ=38) cAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTa > 2:1958133/1‑91 (MQ=255) cAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTa < 1:3190849/91‑1 (MQ=255) ttttttTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTAc > 2:3410218/3‑91 (MQ=255) aaTTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTAc > 2:940752/1‑91 (MQ=255) aTTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACt < 1:3807944/91‑1 (MQ=255) ttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTAt < 2:2201612/91‑1 (MQ=255) ttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTAt > 1:1220092/1‑91 (MQ=255) tGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATc < 2:3801885/91‑1 (MQ=255) tGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATc < 2:2979000/91‑1 (MQ=255) tGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATc < 1:2392196/91‑1 (MQ=255) tGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATc > 1:2316390/1‑91 (MQ=255) gTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcc > 1:3773064/1‑91 (MQ=255) gTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcc > 2:2578911/1‑91 (MQ=255) taAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATccttt > 1:2301273/1‑91 (MQ=255) aaaaCGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATccttta > 1:1490160/1‑91 (MQ=255) aCGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacct < 1:1931930/91‑1 (MQ=255) cGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacctt > 2:2809777/1‑91 (MQ=255) gCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttaccttt > 2:1044383/1‑91 (MQ=255) gCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttaccttt < 2:508740/91‑1 (MQ=255) aaaTATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAg < 2:3086317/91‑1 (MQ=255) atatTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCt < 1:1066551/91‑1 (MQ=255) tatTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAGAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCtt < 2:1739729/91‑1 (MQ=255) tatTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCtt < 2:784150/91‑1 (MQ=255) tatTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCtt < 2:3304018/91‑1 (MQ=255) atTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTg > 2:3487681/1‑91 (MQ=255) atTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTg > 1:262238/1‑91 (MQ=255) ttcttcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTgg > 1:1180477/1‑91 (MQ=255) ttcttcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTgg < 1:3656056/91‑1 (MQ=255) tcttcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAACAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGc > 2:274933/1‑91 (MQ=255) cttcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCa > 1:2305795/1‑91 (MQ=255) cttcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCa > 2:2286310/1‑91 (MQ=255) cttcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCa > 2:3733524/1‑91 (MQ=255) cttcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCa > 2:607656/1‑91 (MQ=255) tcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACg < 1:3452157/91‑1 (MQ=255) tcAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACg > 1:1554402/1‑91 (MQ=255) cAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGt > 2:1466259/1‑91 (MQ=255) ataatTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGttt < 2:1732274/91‑1 (MQ=255) taatTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTc > 2:1093672/1‑91 (MQ=255) atTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcac > 1:1902772/1‑91 (MQ=255) tGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacac > 2:861659/1‑91 (MQ=255) ggtgtCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTGACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacac < 2:2558350/87‑1 (MQ=255) ttCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGCAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacccaca > 2:694562/1‑91 (MQ=255) ttCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacacaca < 2:2491407/91‑1 (MQ=255) tCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCacacacac > 2:413400/1‑91 (MQ=255) tCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCacacacac < 2:3945522/91‑1 (MQ=255) ccATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACAcc > 1:820435/1‑91 (MQ=255) ccATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACAcc < 1:1393227/91‑1 (MQ=255) ccATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACAcc < 1:795106/91‑1 (MQ=255) tAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATg > 2:1452116/1‑91 (MQ=255) aaCCATACAACTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATgg < 2:3649236/91‑1 (MQ=255) aaCCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATgg < 2:126748/91‑1 (MQ=255) aCCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGa > 1:529012/1‑91 (MQ=255) ccACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGaa > 2:1381627/1‑91 (MQ=255) ccACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGaa > 1:868010/1‑91 (MQ=255) cacaCCTCTAATAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTGGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGaaa < 2:54862/91‑1 (MQ=255) acacCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAg < 1:962757/91‑1 (MQ=255) acCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGtt > 1:2465492/1‑91 (MQ=255) ccTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTa > 1:3384274/1‑91 (MQ=255) ccTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTa > 1:1828646/1‑91 (MQ=255) acactAAAAAAAGCGTAGGTTAATTGAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTa < 2:3418593/88‑1 (MQ=255) ctctAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTaa < 1:200588/91‑1 (MQ=255) ctctAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTaa > 1:1780544/1‑91 (MQ=255) ctAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAAc > 1:2551714/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACg > 1:2062781/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACgatg > 1:1793537/1‑91 (MQ=255) aaaaGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACgatga > 2:3868196/1‑91 (MQ=255) aaGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATc > 1:3073313/1‑91 (MQ=255) aaGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATc > 2:593756/1‑91 (MQ=255) aaGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATc > 2:3879840/1‑91 (MQ=255) aGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCt < 2:1955273/91‑1 (MQ=255) gCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTa > 1:3634483/1‑91 (MQ=255) gCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTa > 2:3174441/1‑91 (MQ=255) cgtaGGTTAAATTAACCTTCGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTaa > 1:75294/4‑91 (MQ=255) cGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTaa < 1:2214150/91‑1 (MQ=255) cGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTaa > 2:1518062/1‑91 (MQ=255) aGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAt < 2:485899/91‑1 (MQ=255) ggTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtt < 1:3544215/91‑1 (MQ=255) ggTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtt > 1:185925/1‑91 (MQ=255) ggTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtt > 1:138524/1‑91 (MQ=255) ggTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtt < 2:1772557/91‑1 (MQ=255) gTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAttt < 2:1553271/91‑1 (MQ=255) ttAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtttt < 2:1999281/91‑1 (MQ=255) ttAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtttt < 1:2893247/91‑1 (MQ=255) ttAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCGTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtttt < 2:577133/91‑1 (MQ=255) ttAAATTAACCTTCGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtttt > 1:487864/1‑91 (MQ=255) aaTTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTaa > 1:1112056/1‑91 (MQ=255) aTTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTaaa > 1:2906044/1‑91 (MQ=255) aaCCTACGCAATTTACTATCCTTTGCCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTAAAATTg < 1:3245279/91‑1 (MQ=255) aCCTACGCAACTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTACACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTCAAATTGa > 2:3316413/1‑91 (MQ=255) aCGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTAAAATTGAACTc < 1:1731679/91‑1 (MQ=255) aCGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTAAAATTGAACTc > 1:1142355/1‑91 (MQ=255) | GTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTGTTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTTAAAATTGAACTC > USA300TCH1516_ALE/1615219‑1615399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |