| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 5,779 | C→T | 11.0% | intergenic (+296/‑1192) | cadX → / → USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 5,779 | 0 | C | T | 11.0% | 2556.2 / 215.7 | 877 | intergenic (+296/‑1192) | cadX/USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (440/338); new base T (87/10); total (528/349) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 947 total aligned reads displayed.
CTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTG > CP000731/5689‑5869 | ctgtTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACactac > 1:3570029/1‑91 (MQ=255)ctgtTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACactac > 2:3277592/1‑91 (MQ=255) TGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAACCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACactact < 2:1249155‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGc < 1:1005901‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTATTGCa > 1:1180507‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTATTGCa > 1:3920824‑M1/1‑91 (MQ=255) 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aCTTATTGGCGTAGTACACGCCACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCACAG‑ACAAAATCCCCACACTACTGCACTAGTGTggg > 2:262017/1‑91 (MQ=255) tATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGAt > 2:240658/1‑91 (MQ=255) tATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGAt > 1:2574143/1‑91 (MQ=255) tATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGAt > 1:1969009/1‑91 (MQ=255) aTTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGAtt > 1:2705289/1‑91 (MQ=255) ttGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTg > 1:747127/1‑91 (MQ=255) ggCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGt < 1:2891644/91‑1 (MQ=255) ggCCTAGAACACGCAACAAAGAATTAATACGCGACTGGATAAGCCAGCATCG‑AAAAAACCCCCACACTAGTGCAGTAGTGTGGGGAttttg < 2:675226/91‑4 (MQ=21) 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acgcaagaAATAATTAATAGGCGGCTTTATAAGCCAGCATCG‑AACAGATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTg < 2:810238‑M2/83‑1 (MQ=255) gcaacaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAAATCCCCACACTACTGCAATCGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGt > 2:1081837‑M2/7‑91 (MQ=255) caacaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTa > 1:2981757‑M2/6‑91 (MQ=255) caacaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTa < 1:1261323‑M2/86‑1 (MQ=255) acaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAAt > 2:2886910‑M2/4‑91 (MQ=255) gaAAGAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATc < 2:322054‑M2/89‑1 (MQ=255) caAATAATTAAGAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATc < 2:3590326‑M2/89‑1 (MQ=255) ataatTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCAtt < 1:501325/91‑1 (MQ=255) aattaatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCAtttt > 2:3144694/1‑91 (MQ=255) aattaatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCAtttt > 1:692316/1‑91 (MQ=255) aattaatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCAtttt > 2:1616920/1‑91 (MQ=255) aattaatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCAtttt > 2:1497431/1‑91 (MQ=255) ttaatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCg > 1:3828304/1‑91 (MQ=255) ttaatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCg > 2:601845/1‑91 (MQ=255) ttaatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCg > 1:1693199/1‑91 (MQ=255) ttaatAGGCGACTTTAT‑AGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGt > 2:3732638/1‑91 (MQ=255) 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tactacAATAGTGTGGAGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTACGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGAt < 2:72964/91‑1 (MQ=255) tactGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGAt < 2:3352733/91‑1 (MQ=255) tactGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGAt > 1:1374487/1‑91 (MQ=255) actGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGAtt > 1:1093958/1‑91 (MQ=255) actGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAACCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGAtt > 1:3330487/1‑91 (MQ=255) ctGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTg > 1:3724991/1‑91 (MQ=255) | CTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCG‑AAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTG > CP000731/5689‑5869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |