| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,653,327 | A→G | 11.2% | intergenic (‑32/+127) | gcvT ← / ← aroK | Aminomethyltransferase/Shikimate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,653,327 | 0 | A | G | 11.2% | 609.2 / 54.4 | 223 | intergenic (‑32/+127) | gcvT/aroK | Aminomethyltransferase/Shikimate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (102/96); new base G (5/20); total (107/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TTGCACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTG > USA300TCH1516_ALE/1653238‑1653417 | ttGCACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGAt < 2:524306/91‑1 (MQ=255)ttGCACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGAt < 1:370315/91‑1 (MQ=255) gCACCTCTATCGACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAAGCACTCGACATGGAAATACCCCCTTACAATTATAAAAACAGGATAg < 1:3772964/91‑1 (MQ=255) gCACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAg < 1:436787/91‑1 (MQ=255) gCACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAg > 1:1564735/1‑91 (MQ=255) cACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGc > 1:1935779/1‑91 (MQ=255) cACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTATTAAATCACTTGGCATTGAAATACCCCCTTAGAATTATAAAAACAGGATAGc < 2:1909597/91‑1 (MQ=255) aCCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCa < 1:2903842/91‑1 (MQ=255) aCCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCa > 1:2169294/1‑91 (MQ=255) tctATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATc > 1:3478772/1‑91 (MQ=255) ctATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCg < 2:629382/91‑1 (MQ=255) ctATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCg > 1:2545613/1‑91 (MQ=255) ctATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCg < 1:2004982/91‑1 (MQ=255) tATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGc < 2:2033991/91‑1 (MQ=255) tATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGc < 2:2551982/91‑1 (MQ=255) aTCTACATACTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCt < 1:3552970/91‑1 (MQ=255) tCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTa < 1:1229086/91‑1 (MQ=255) tCAACATAATGTGGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACGTGACATTGAAATACCCCCTTCAACTTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTa < 2:556741/91‑1 (MQ=255) cAACATAATTTGGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc < 2:1043124/91‑1 (MQ=255) aaCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAcc > 2:1694960/1‑91 (MQ=255) aaCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAcc > 1:3074827/1‑91 (MQ=255) aCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTatcc < 1:991957/91‑4 (MQ=255) aCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAccc < 1:1347307/91‑1 (MQ=255) aCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAccc > 2:3063508/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAACTCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAACAACAGGATAGCTATCGCTACCCt > 2:3021238/1‑91 (MQ=255) tAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGt < 2:2342402/91‑1 (MQ=38) tAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGt > 1:74325/1‑91 (MQ=255) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGtt < 2:1968626/91‑1 (MQ=38) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGtt < 1:3813327/91‑1 (MQ=38) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGtt < 1:386211/91‑1 (MQ=255) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGtt > 1:371775/1‑91 (MQ=255) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCCGtt > 2:3238942/1‑91 (MQ=255) aaTTTGGATATAAAGGTGTTTGTGTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGtt < 2:1455557/91‑1 (MQ=37) aTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGttt > 1:2418328/1‑91 (MQ=255) aTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGttt < 1:1788157/91‑1 (MQ=255) ttttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTta > 2:953148/1‑91 (MQ=255) tttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTtat > 1:2027362/1‑91 (MQ=255) ttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTtata > 2:1117142/1‑91 (MQ=255) 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aaaaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGtt > 1:938707/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGtt < 2:1288420/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATAAAAACAGGATAGAAATCACTACCCTATTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGagagat < 2:791560/91‑3 (MQ=255) agaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGttt < 2:2632380/89‑1 (MQ=255) aaaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGttt < 2:2716461/91‑1 (MQ=255) ataAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaa > 1:3402996/1‑91 (MQ=255) ataAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaa > 1:108021/1‑91 (MQ=255) aaaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTACTaaa > 1:1600024/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |