| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,653,332 | A→G | 13.2% | intergenic (‑37/+122) | gcvT ← / ← aroK | Aminomethyltransferase/Shikimate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,653,332 | 0 | A | G | 13.2% | 570.5 / 60.5 | 220 | intergenic (‑37/+122) | gcvT/aroK | Aminomethyltransferase/Shikimate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (96/94); new base G (9/20); total (106/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
ACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCT > USA300TCH1516_ALE/1653242‑1653422 | aCCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCa > 1:2169294/1‑91 (MQ=255) ctctATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAAGCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAAt > 1:3430005/1‑91 (MQ=255) tctATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATc > 1:3478772/1‑91 (MQ=255) ctATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCg < 1:2007395/91‑1 (MQ=255) aTCTACATACTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCt < 1:3552970/91‑1 (MQ=255) tCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTa < 1:1229086/91‑1 (MQ=255) tCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTa < 1:3394924/91‑1 (MQ=255) cAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc > 1:3276342/1‑91 (MQ=255) cAACATAATTTGGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc < 2:1043124/91‑1 (MQ=255) aaCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAcc > 1:3074813/1‑91 (MQ=255) aCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAccc < 1:1347307/91‑1 (MQ=255) aCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAccc > 2:3063508/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGACAGCAATCGCTACCCt > 2:1548547/1‑91 (MQ=255) agaaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTg < 2:3342757/89‑1 (MQ=255) aTAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTg < 2:2669339/91‑1 (MQ=38) aTAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTg < 1:3770657/91‑1 (MQ=38) tAATTTTGATATAGAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTTGAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGt < 1:3961711/91‑1 (MQ=37) tAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGt < 2:2613260/91‑1 (MQ=255) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGtt > 1:371775/1‑91 (MQ=255) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGtt < 1:386211/91‑1 (MQ=255) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCCGtt > 2:3238942/1‑91 (MQ=255) aTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGttt < 1:1788157/91‑1 (MQ=255) ttttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTta > 2:953148/1‑91 (MQ=255) ttttGATATAAAGGTGTTTGTTCTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCGTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTta < 2:3002596/91‑1 (MQ=255) tttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGttttt < 1:1922530/91‑3 (MQ=37) ttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTtata > 2:1117142/1‑91 (MQ=255) gATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATaaa < 1:92211/91‑1 (MQ=255) gATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATaaa < 1:1033016/91‑1 (MQ=255) gATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATaaa > 1:1608476/1‑91 (MQ=255) tataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATc > 2:365567/1‑91 (MQ=255) tataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAACACCCCCTTAAAATCATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTAGAAATc > 1:3675678/1‑91 (MQ=255) ataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCa > 1:2489498/1‑91 (MQ=255) ataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCa < 1:1482950/91‑1 (MQ=255) aaaGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCAcc > 2:189898/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCAcc < 1:958233/91‑1 (MQ=255) aGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCaa < 1:2317622/91‑1 (MQ=255) ggTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAAt > 2:3847481/1‑91 (MQ=255) gtttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCa < 2:772878/91‑1 (MQ=255) gtttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCa > 1:2431280/1‑91 (MQ=255) gtttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCa > 1:843432/1‑91 (MQ=255) tttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAg > 1:1413/1‑91 (MQ=255) tttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAg > 1:1308319/1‑91 (MQ=255) tttgtttTAAATCACGTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATATAAACGGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAAGTCAg < 2:1940935/91‑1 (MQ=255) ttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTGTAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAgg < 2:3469685/91‑1 (MQ=255) ttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAgg < 2:2333423/91‑1 (MQ=255) ttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAgg < 1:262649/91‑1 (MQ=255) ttgtttTAAATCACTTGACATTGAAAGACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAgg < 2:2430275/91‑1 (MQ=255) tttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAAcg < 2:3175454/91‑1 (MQ=255) tttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAAcg > 2:564759/1‑91 (MQ=255) cACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACa < 1:2519873/91‑1 (MQ=255) aCTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAg > 2:544078/1‑91 (MQ=255) aCTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAg > 2:2783374/1‑91 (MQ=255) cTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGt < 1:662059/91‑1 (MQ=255) cTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGt > 2:3527831/1‑91 (MQ=255) tGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtat < 2:1839907/91‑1 (MQ=255) gACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtatt < 2:2093003/91‑1 (MQ=255) aCATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtatta < 1:2699944/91‑1 (MQ=255) tGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCt < 1:2130636/91‑1 (MQ=255) gAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtt < 2:2477018/91‑1 (MQ=255) aaaTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCttt < 1:1214390/91‑1 (MQ=255) aaaTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCttt < 2:2889516/91‑1 (MQ=255) aaaTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCttt > 2:2188005/1‑91 (MQ=255) aaaTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCttt < 2:210695/91‑1 (MQ=255) aaTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtttt < 2:1166032/91‑1 (MQ=255) aTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTg > 1:3034392/1‑91 (MQ=255) aTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTg > 2:2361525/1‑91 (MQ=255) aTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTg > 2:2001917/1‑91 (MQ=255) tACCCCCTTAAAGTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGTAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGc < 2:674465/91‑1 (MQ=255) aCCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGcc < 1:3082038/91‑1 (MQ=255) cccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCt > 1:2917250/1‑91 (MQ=255) cccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCt > 2:843048/1‑91 (MQ=255) cccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGCTACAGTATTATCCTTTTGCCt > 2:1328228/1‑91 (MQ=255) ccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTgag > 2:461392/1‑91 (MQ=255) cTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTgaga > 2:3924585/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGagag < 2:3597401/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGtt < 2:1690272/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGtt < 2:1288420/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATAAAAACAGGATAGAAATCACTACCCTATTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGagagat < 2:791560/91‑3 (MQ=255) aaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTc < 2:273042/91‑1 (MQ=255) ttATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGCGTTTCGt > 2:1495995/1‑91 (MQ=255) ataAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaa > 1:108021/1‑91 (MQ=255) ataAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaa > 1:568737/1‑91 (MQ=255) aaaCAGGGTAGCGATTGCTATCCTGTTTTTAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATaaa > 2:3418293/1‑91 (MQ=37) aaaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATaaa > 2:1747823/1‑91 (MQ=255) aaaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATaaa < 1:536764/91‑1 (MQ=255) aaaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATaaa > 1:2845628/1‑91 (MQ=255) aaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAAt > 1:3893752/1‑91 (MQ=255) ggATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACt > 1:3634575/1‑91 (MQ=255) ggtAGCGATTGCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACtt > 2:3798465/3‑91 (MQ=255) gATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACtt > 1:749331/1‑91 (MQ=255) gtAGCGATTGCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTg > 1:3212760/2‑91 (MQ=255) tAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCAGCAATGCAGGAACGCGTTCCAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGc > 2:1884827/1‑91 (MQ=255) tAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATGATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGc < 1:3337103/91‑1 (MQ=255) aGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCa > 1:2088530/1‑91 (MQ=255) aGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCa > 1:546597/1‑91 (MQ=255) gCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTCTCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAc > 1:1519978/1‑91 (MQ=255) gCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAc > 1:1571557/1‑91 (MQ=255) gCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAc < 1:1998468/91‑1 (MQ=255) cAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTGACAGTATGATCCTGTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAcc < 2:1017787/91‑1 (MQ=255) aaTCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCt < 2:2561014/91‑1 (MQ=255) | ACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCT > USA300TCH1516_ALE/1653242‑1653422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |