| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,653,340 | C→T | 12.4% | intergenic (‑45/+114) | gcvT ← / ← aroK | Aminomethyltransferase/Shikimate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,653,340 | 0 | C | T | 12.4% | 623.6 / 56.7 | 222 | intergenic (‑45/+114) | gcvT/aroK | Aminomethyltransferase/Shikimate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (96/98); new base T (15/13); total (111/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
CAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCGAT > USA300TCH1516_ALE/1653250‑1653430 | cAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc > 1:3276342/1‑91 (MQ=255) aaCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAcc > 1:3074813/1‑91 (MQ=255) aCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAccc < 1:1347307/91‑1 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAACTCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAACAACAGGATAGCTATCGCTACCCt > 2:3021238/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGACAGCAATCGCTACCCt > 2:1548547/1‑91 (MQ=255) aTAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTg < 2:2669339/91‑1 (MQ=38) aTAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTg < 1:3770657/91‑1 (MQ=38) tAATTTTGATATAGAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTTGAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGt < 1:3961711/91‑1 (MQ=37) tAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGt < 2:2342402/91‑1 (MQ=38) tAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGt > 1:74325/1‑91 (MQ=255) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGtt > 1:371775/1‑91 (MQ=255) aaTTTGGATATAAAGGTGTTTGTGTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGtt < 2:1455557/91‑1 (MQ=37) aTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGttt < 1:1788157/91‑1 (MQ=255) ttttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTta > 2:953148/1‑91 (MQ=255) tttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGttttt < 1:1922530/91‑3 (MQ=37) gATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATaaa < 1:92211/91‑1 (MQ=255) gATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATaaa < 1:1033016/91‑1 (MQ=255) atatAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAAt < 2:3843744/91‑1 (MQ=255) atatAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAAt > 2:2930759/1‑91 (MQ=255) ataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCa > 1:2489498/1‑91 (MQ=255) ataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCa < 1:1483096/91‑1 (MQ=255) ataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCa < 2:1158821/91‑1 (MQ=255) taAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTCCCCTGTTTATAACTCAc > 2:3861750/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCAcc > 2:189898/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCAcc > 2:1829036/1‑91 (MQ=255) aGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCaa < 1:2317622/91‑1 (MQ=255) aGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCaa > 1:3499482/1‑91 (MQ=255) gtttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCa < 2:772878/91‑1 (MQ=255) tttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAg > 1:1413/1‑91 (MQ=255) tttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAg > 1:1308319/1‑91 (MQ=255) tttgtttTAAATCACGTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATATAAACGGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAAGTCAg < 2:1940935/91‑1 (MQ=255) ttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTGTAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAgg < 2:3469685/91‑1 (MQ=255) ttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAgg < 2:1049743/91‑1 (MQ=255) tgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGa > 1:643541/1‑91 (MQ=255) gtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGaa > 2:3227474/1‑91 (MQ=255) gtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGaa > 1:3594873/1‑91 (MQ=255) tCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTAc < 2:2168196/91‑1 (MQ=255) cACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACa < 1:2519886/91‑1 (MQ=255) aCTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAg < 2:1523866/91‑1 (MQ=255) cTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGt > 2:3527831/1‑91 (MQ=255) gACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtatt < 2:2093160/91‑1 (MQ=255) aCATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtatta > 1:1627685/1‑91 (MQ=255) cATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtattat > 1:81589/1‑91 (MQ=255) gAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtt > 1:495415/1‑91 (MQ=255) gAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtt < 2:2477018/91‑1 (MQ=255) aaaTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCttt < 2:2889516/91‑1 (MQ=255) aaaTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCttt < 1:1214390/91‑1 (MQ=255) aTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTg > 1:3034392/1‑91 (MQ=255) aTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTg > 2:2001917/1‑91 (MQ=255) tACCCCCTTAAAGTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGTAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGc < 2:674465/91‑1 (MQ=255) aCCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGcc < 1:3082038/91‑1 (MQ=255) aCCCCCTTAAAACTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGCTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGcc > 2:1176930/1‑91 (MQ=255) cccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCt > 2:843048/1‑91 (MQ=255) cTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTgaga < 2:3369135/91‑1 (MQ=255) cTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTgaga > 1:2230841/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGagag < 2:3597401/91‑1 (MQ=255) tAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGt < 1:2088169/91‑1 (MQ=255) tAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGt < 2:3607471/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATCAAAACCGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAATTGATCATGTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGTGAGtt < 2:790456/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGtt < 1:3663772/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGtt < 2:1690272/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGtt > 1:938707/1‑91 (MQ=255) aaaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGttt < 2:2632269/91‑1 (MQ=255) aaTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTc < 2:273042/91‑1 (MQ=255) ttATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGt > 2:2435416/1‑91 (MQ=255) tataAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTCTTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGta < 2:3275771/91‑1 (MQ=255) tataAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGta < 1:2659430/91‑1 (MQ=255) ataAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaa > 1:108021/1‑91 (MQ=255) ataAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaa > 1:3402996/1‑91 (MQ=255) aaaaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaataa < 1:3859319/91‑1 (MQ=255) aaaCAGGGTAGCGATTGCTATCCTGTTTTTAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATaaa > 2:3418293/1‑91 (MQ=37) aaaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATaaa > 2:1747823/1‑91 (MQ=255) aaaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATaaa > 1:2845628/1‑91 (MQ=255) aaaCAGAATAGCAAGCGCTACCCAGGTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTAAGATTTGCGTAATaaa < 2:47887/91‑1 (MQ=255) aaCAGGGTAGCGATTGCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAAt > 2:448087/1‑91 (MQ=38) aaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAAt > 1:3893752/1‑91 (MQ=255) cAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTa < 1:2091953/91‑1 (MQ=255) ggtAGCGATTGCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACtt > 2:3798465/3‑91 (MQ=255) tAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCAGCAATGCAGGAACGCGTTCCAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGc > 2:1884827/1‑91 (MQ=255) aGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCa > 1:546691/1‑91 (MQ=255) gCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTCTCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAc > 1:1519978/1‑91 (MQ=255) gCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAc > 1:1571557/1‑91 (MQ=255) gCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAc < 1:1998468/91‑1 (MQ=255) cAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAcc < 2:238876/91‑1 (MQ=255) aaTCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCt < 1:545973/91‑1 (MQ=255) attgCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCtt > 1:670339/4‑91 (MQ=255) attgCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCtt > 1:2267292/4‑91 (MQ=255) aTCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCtt < 1:3389071/91‑1 (MQ=255) aTCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCtt > 2:1291998/1‑91 (MQ=255) cGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCg > 2:2262184/1‑91 (MQ=255) cGCTACACTGCTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGCTACAGTCTTATCCTTTTGCCGGAGAATTTCGTAAAAAATTACTTGCACATTCg > 2:2576/1‑91 (MQ=255) gCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTAACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCgg > 1:3353781/1‑91 (MQ=255) gCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGTGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCgg < 1:2433897/91‑1 (MQ=255) gCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCgg < 1:2428720/91‑1 (MQ=255) gCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGCTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGCTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCgg > 2:525983/1‑91 (MQ=255) cTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGTAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGc < 2:1039450/91‑1 (MQ=255) cTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGc < 2:1040344/91‑1 (MQ=255) tACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCg > 2:3172887/1‑91 (MQ=255) cccTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCGAt > 1:3258087/1‑91 (MQ=255) cccTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCGAt > 1:3258421/1‑91 (MQ=255) | CAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCGAT > USA300TCH1516_ALE/1653250‑1653430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |