| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,685,148 | C→T | 5.4% | intergenic (‑160/+60) | USA300HOU_RS08395 ← / ← rpsU | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,685,148 | 0 | C | T | 5.4% | 795.7 / 22.5 | 242 | intergenic (‑160/+60) | USA300HOU_RS08395/rpsU | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (119/109); new base T (6/7); total (126/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
AATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCT > USA300TCH1516_ALE/1685058‑1685238 | atatCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACt < 2:1560892/91‑1 (MQ=255) atCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtg < 2:3320304/91‑1 (MQ=255) tCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgt < 2:3154956/91‑1 (MQ=255) tCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgt > 1:2229805/1‑91 (MQ=255) cAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgtg < 1:3701864/91‑1 (MQ=255) cAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgtg < 2:661214/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |