| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,685,149 | 0 | T | A | 6.8% | 788.4 / 32.1 | 242 | intergenic (‑161/+59) | USA300HOU_RS08395/rpsU | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (117/107); new base A (11/7); total (128/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
ATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAAC‑TTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTG > USA300TCH1516_ALE/1685059‑1685239 | atatCAATTTGATTATTTATAAACTATATAAC‑TTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACt < 2:1976693/91‑1 (MQ=255) tCAATTTGATTATTTATAAACTATATAAC‑TTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgt < 2:703643/91‑1 (MQ=255) cAATTTGATTATTTATAAACTATATAAC‑TTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgtg < 2:2819920/91‑1 (MQ=255) cAATTTGATTATTTATAAACTATATAAC‑TTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgtg < 2:114373/91‑1 (MQ=255) cAATTTGATTATTTATAAACTATATAAC‑TTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgtg < 2:662420/91‑1 (MQ=255) cAATTTGATTATTTATAAACTATATAAC‑TTTGTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgtg < 2:602284/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |