| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,776,622 | A→G | 5.1% | intergenic (‑99/+52) | clpX ← / ← tig | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Trigger factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,776,622 | 0 | A | G | 5.1% | 932.1 / 25.6 | 292 | intergenic (‑99/+52) | clpX/tig | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Trigger factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (141/134); new base G (8/7); total (151/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CACCCCTATTCGTTAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAATTTAATATTTAATGAAGATTAATCTTCTTTAGTTCCTTCAACGAACTTTGCGTTAT > USA300TCH1516_ALE/1776532‑1776711 | cacCCCTATTCGTTAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATa < 2:960405/91‑1 (MQ=255) acCCCTATTCGTTAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATAc > 2:2418319/1‑91 (MQ=255) ccccTATTCGTTAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACa > 1:1587703/1‑91 (MQ=255) ccccTATTCGTTAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACa > 1:1986122/1‑91 (MQ=255) ccccTATTCGTTAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACa < 1:1926103/91‑1 (MQ=255) cTATTCGTTAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATaa > 2:2768393/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |