| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,776,634 | C→T | 6.1% | intergenic (‑111/+40) | clpX ← / ← tig | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Trigger factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,776,634 | 0 | C | T | 6.1% | 898.3 / 31.0 | 278 | intergenic (‑111/+40) | clpX/tig | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Trigger factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (138/123); new base T (10/7); total (148/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
TTAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAATTTAATATTTAATGAAGATTAATCTTCTTTAGTTCCTTCAACGAACTTTGCGTTATCTCTTAATAAATC > USA300TCH1516_ALE/1776544‑1776724 | ttAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGTATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGc > 1:3691904/1‑91 (MQ=255)ttAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGc > 2:470020/1‑91 (MQ=255) tAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TACGCa > 2:1572431/1‑91 (MQ=255) aaaGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAACGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCAt > 2:1755248/1‑91 (MQ=255) aGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCt > 1:881666/1‑91 (MQ=255) aCTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGc < 1:2919630/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |