Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,779,807 | A→G | 8.3% | intergenic (‑113/+29) | USA300TCH1516_01664 ← / ← rplT | hypothetical protein/50S ribosomal protein L20 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,779,807 | 0 | A | G | 8.3% | 759.1 / 40.0 | 262 | intergenic (‑113/+29) | USA300TCH1516_01664/rplT | hypothetical protein/50S ribosomal protein L20 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (104/135); new base G (11/11); total (116/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTG > USA300TCH1516_ALE/1779717‑1779897 | tgtttgttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGa > 2:3733635/1‑91 (MQ=255) gtttgttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGAc > 1:3532513/1‑91 (MQ=255) tttgttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACa < 1:3191664/91‑1 (MQ=255) ttgttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACaa < 2:1313968/91‑1 (MQ=255) tgttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAAt > 1:75652/1‑91 (MQ=255) gttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATg < 1:913120/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |