| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,779,810 | A→T | 8.0% | intergenic (‑116/+26) | USA300TCH1516_01664 ← / ← rplT | hypothetical protein/50S ribosomal protein L20 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,779,810 | 0 | A | T | 8.0% | 859.1 / 44.7 | 266 | intergenic (‑116/+26) | USA300TCH1516_01664/rplT | hypothetical protein/50S ribosomal protein L20 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/138); new base T (11/11); total (117/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGA > USA300TCH1516_ALE/1779720‑1779900 | gttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATg > 2:778578/1‑91 (MQ=255) gctgttAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTGTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGcc < 2:360422/87‑1 (MQ=255) ctctTAAATGCATTTTAGCAAGTATGTCATATTTTAGCGATTAAAGGTGGCATGTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCa < 2:1740608/91‑1 (MQ=255) ctctTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCa < 1:1191278/91‑1 (MQ=255) ctctTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCa > 1:2640398/1‑91 (MQ=255) ctctTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCa < 1:3018159/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |