| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,779,813 | C→T | 7.6% | intergenic (‑119/+23) | USA300TCH1516_01664 ← / ← rplT | hypothetical protein/50S ribosomal protein L20 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,779,813 | 0 | C | T | 7.6% | 883.3 / 36.1 | 280 | intergenic (‑119/+23) | USA300TCH1516_01664/rplT | hypothetical protein/50S ribosomal protein L20 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (110/148); new base T (11/11); total (121/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTT > USA300TCH1516_ALE/1779723‑1779903 | ctctTAAATGCATTTTAGCAAGTATGTCATATTTTAGCGATTAAAGGTGGCATGTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCa < 2:1740608/91‑1 (MQ=255) ctctTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCa < 1:1191278/91‑1 (MQ=255) ctctTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCa < 1:2684862/91‑1 (MQ=255) ctctTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCa < 1:2078786/91‑1 (MQ=255) tctTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCAt < 2:24728/91‑1 (MQ=255) ctTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCAtc < 2:1582294/91‑1 (MQ=255) ctTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTAAGAAAAATAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCAtc < 2:3955895/91‑1 (MQ=255) ttAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTCAAAACTAAAAAAGAGATGACAATGCCAgct > 2:314453/1‑91 (MQ=255) ttAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCAtct > 1:1942701/1‑91 (MQ=255) tAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGGCATTGTCAtctc < 2:775904/91‑1 (MQ=38) aaaTGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGGCATTGTCATctct < 1:3605365/91‑1 (MQ=38) aggCATTTTAGCAAATAGGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGGCATTGTCATCTCttt < 2:2254466/89‑1 (MQ=37) aggCATTTGATCAAATATGTCATATATTAGCGATTAAATGTGGCAGTTTGCTATTTAAATAATAAAAAAGAGATGGCATTGTCATCTCttt < 2:2913320/89‑1 (MQ=25) aTGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCttt < 2:622779/91‑1 (MQ=255) aTGCATATTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCttt < 2:740124/91‑1 (MQ=255) cATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCtttttt > 1:2199445/1‑91 (MQ=255) cATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCtttttt < 1:344309/91‑1 (MQ=255) cATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCtttttt > 2:1250174/1‑91 (MQ=255) aTTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTta < 1:2621828/91‑1 (MQ=255) ttttAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTtat > 2:2623115/1‑91 (MQ=255) ttttAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTtat > 1:273894/1‑91 (MQ=255) aGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAgt < 1:723500/91‑1 (MQ=255) cAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAgtgt < 2:365864/91‑1 (MQ=255) aaaTATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGtt < 1:1695283/91‑1 (MQ=255) atatGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGTCATTATACAATTAAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGttat < 2:3900738/91‑1 (MQ=38) tatGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGttatt < 1:1597147/91‑1 (MQ=255) atGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGttatta > 2:26678/1‑91 (MQ=255) gTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTattatt > 2:1051192/1‑91 (MQ=255) gTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTattatt > 2:3748264/1‑91 (MQ=255) tCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTAttt > 1:1804101/1‑91 (MQ=255) tCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTAttt < 2:2491558/91‑1 (MQ=255) cATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTAtttt < 1:415040/91‑1 (MQ=255) atatTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTa < 2:2782697/91‑1 (MQ=255) ttttAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAg < 1:2113468/91‑1 (MQ=255) ttAGAGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCa < 2:2515500/91‑1 (MQ=255) tAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCAt < 1:363472/91‑1 (MQ=255) aGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATc < 1:1862083/91‑1 (MQ=255) gCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATct > 1:1069746/1‑91 (MQ=255) gCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATct > 1:623081/1‑91 (MQ=255) gCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATct > 2:1630377/1‑91 (MQ=255) cGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATctt < 2:3815480/91‑1 (MQ=255) cGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATctt > 2:1411427/1‑91 (MQ=255) gATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATcttt < 2:3866643/91‑1 (MQ=255) ttAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATctttag < 2:2991789/91‑1 (MQ=255) tAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATctttagc < 1:2310261/91‑1 (MQ=255) tAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATctttagc < 1:693124/91‑1 (MQ=255) ggCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGtt > 1:2501637/1‑91 (MQ=255) gCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTa < 1:70095/91‑1 (MQ=255) gCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTa < 1:2366928/91‑1 (MQ=255) cATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTAc < 2:2853701/91‑1 (MQ=255) cATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTAc < 2:2181643/91‑1 (MQ=255) cATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTAc < 2:682000/91‑1 (MQ=255) cATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTAc < 1:74744/91‑1 (MQ=255) cATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTAc < 2:3771156/91‑1 (MQ=255) ttttGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTa > 2:1956893/1‑91 (MQ=255) ttGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAAt < 2:3464360/91‑1 (MQ=255) gCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTg > 1:1536418/1‑91 (MQ=255) gCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTg > 1:571486/1‑91 (MQ=255) gCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTg < 2:3345134/91‑1 (MQ=255) cTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGa < 1:899229/91‑1 (MQ=255) cTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGa < 1:244571/91‑1 (MQ=255) cTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGa < 1:3088208/91‑1 (MQ=255) tATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAg < 1:919597/91‑1 (MQ=255) tATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAg < 1:386628/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCa < 2:1118927/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCaa > 2:2120208/1‑91 (MQ=255) taaaaaataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCaaa < 1:2020779/91‑1 (MQ=255) aaaaataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATg < 2:1814429/91‑1 (MQ=255) aaaaataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATg < 1:48233/91‑1 (MQ=255) aaaataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGc > 2:891329/1‑91 (MQ=255) aaataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGAGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCt > 2:3245763/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTc > 2:2008271/1‑91 (MQ=255) aaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGt > 2:3568851/1‑91 (MQ=255) aaGAGATGCCCATGCCATCTCTCCTTTATAAGTGTTATTACTTTAAAGCATCTTTCGCTTTAGTTACTCATTGAGCAAATGCTTTttcttc > 2:3406643/1‑91 (MQ=255) aaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTc > 2:3058892/1‑91 (MQ=255) aaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTCTAGTTACTAATTGAGCACATGCTTTTTCGTc > 2:582503/1‑91 (MQ=255) gagaTGGCATTGTCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAg > 1:2833170/1‑91 (MQ=38) gagaTGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAg < 2:665519/91‑1 (MQ=255) gaTGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGaa > 2:2073087/1‑91 (MQ=255) aTGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGaaa < 1:963569/91‑1 (MQ=255) aTGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGaaa < 1:29905/91‑1 (MQ=255) tGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAAt < 2:1978058/91‑1 (MQ=255) tGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAAt > 1:1949789/1‑91 (MQ=255) tGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAAt < 1:40306/91‑1 (MQ=255) tGAAAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGCTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGCCAGaact > 2:3503086/1‑89 (MQ=255) gACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAAtt > 1:3377404/1‑91 (MQ=255) gACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAAtt > 2:2551855/1‑91 (MQ=255) aCAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTg > 2:1711148/1‑91 (MQ=255) cAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAAtcgc < 1:846625/91‑4 (MQ=255) cAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGc < 1:1747888/91‑1 (MQ=255) cAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATCGc < 1:1385747/91‑1 (MQ=255) cAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCCTTTTCGTCAGAAAtcgc < 1:2956175/91‑4 (MQ=255) aaTGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAAtcgca < 1:3834260/91‑5 (MQ=255) aaTGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAAtcgca < 1:86997/91‑5 (MQ=255) aaTGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCg > 1:1999618/1‑91 (MQ=255) aaTGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATGTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATCGca < 2:700982/91‑2 (MQ=255) aTGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGa > 1:330639/1‑91 (MQ=255) aTGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGa > 1:3156691/1‑91 (MQ=255) gCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGAtt > 1:250736/1‑91 (MQ=255) gCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGAtt < 1:2227997/91‑1 (MQ=255) | TTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTT > USA300TCH1516_ALE/1779723‑1779903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |