| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 115,755 | T→A | 6.1% | intergenic (+22/‑129) | btr → / → yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 115,755 | 0 | T | A | 6.1% | 726.1 / 25.8 | 223 | intergenic (+22/‑129) | btr/yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (106/103); new base A (9/5); total (115/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
ATTAAACATTAAAATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/115667‑115845 | attaaacaataaaATGATTACGAAGGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAATTGATCACAAATCACAAATTTTg < 1:1143383/91‑1 (MQ=255) ttaaacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACATTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGa > 2:3472748/1‑91 (MQ=255) acattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGAtata < 1:533247/91‑1 (MQ=255) cattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑c < 2:2631052/91‑1 (MQ=255) cattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑c < 2:1803630/91‑1 (MQ=255) attaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑Ca > 1:972411/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |