BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	1,857,971	C→T	15.7%	A135T (GCA→ACA)	USA300HOU_RS09235 ←	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	1,857,971	0	C	T	15.7%	549.8 / 75.9	215	A135T (GCA→ACA)	USA300HOU_RS09235	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/84); new base T (21/13); total (118/97)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 216 total aligned reads displayed.

TGCTTCTTCTTTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCTTTTATCGCTGC  >  USA300TCH1516_ALE/1857882‑1858061

  cttcttcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGTTtg                                                                                         <  1:3412143/91‑1 (MQ=255)

    tcttcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCCCTGCCACTGCTTTTGATTCGTTATTTGATACGGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTtgtg                                                                                       <  1:2964353/91‑1 (MQ=17)

    tcttcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTtgtg                                                                                       <  1:2555960/91‑1 (MQ=255)

    tcttcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTtgtg                                                                                       >  1:607845/1‑91 (MQ=255)

     cttcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGc                                                                                      <  1:3458990/91‑1 (MQ=255)

     cttcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGc                                                                                      <  2:2696906/91‑1 (MQ=255)

      ttcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCt                                                                                     >  1:1210546/1‑91 (MQ=255)

      ttcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCt                                                                                     <  1:2953395/91‑1 (MQ=255)

      ttcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCt                                                                                     >  1:1996387/1‑91 (MQ=255)

      ttcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCt                                                                                     <  1:196847/91‑1 (MQ=255)

       tcttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCGTTATTTAATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCtt                                                                                    <  2:1757117/91‑1 (MQ=255)

        gttttGTCGCTGCTTGTTGTGCTGTCGCTGTTCCTGTTTTTGCTTTTTTATTTGTTGTTGCTGTGTTTTTGTCCTCTTCTGCTTGTGCTtc                                                                                   <  2:257596/90‑1 (MQ=2)

        cttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGTTTGTGCTtc                                                                                   >  2:1871038/1‑91 (MQ=255)

        cttTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTtc                                                                                   >  2:1011328/1‑91 (MQ=255)

          tttATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTtctc                                                                                 <  2:3089142/91‑1 (MQ=255)

           ttATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTctct                                                                                <  1:1510964/91‑1 (MQ=255)

           ttATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTctct                                                                                <  1:1109829/91‑1 (MQ=255)

           ttATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTctct                                                                                >  1:354857/1‑91 (MQ=255)

            tATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGTTTGTGCTTCTCtt                                                                               <  2:1140811/91‑1 (MQ=255)

            tATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCtt                                                                               <  1:506305/91‑1 (MQ=255)

            tATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCtt                                                                               >  1:3648549/1‑91 (MQ=255)

             aTCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCttt                                                                              <  1:2720427/91‑1 (MQ=255)

               cGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTa                                                                            <  1:3452948/91‑1 (MQ=255)

                gctgctTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAg                                                                           >  2:3113601/1‑91 (MQ=255)

                gctgctTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAg                                                                           <  1:155670/91‑1 (MQ=255)

                 ctgctTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGc                                                                          <  2:3145988/91‑1 (MQ=255)

                 ctgctTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGc                                                                          <  1:2791819/91‑1 (MQ=255)

                   gctTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGTTTGTGCTTCTCTTTTAGctt                                                                        >  1:2750056/1‑91 (MQ=255)

                    ctTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGcttc                                                                       <  1:2229068/91‑1 (MQ=255)

                    ctTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGcttc                                                                       >  1:1367516/1‑91 (MQ=255)

                    ctTGTTGTGCTTTCAACGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGcttc                                                                       <  2:966058/91‑1 (MQ=255)

                     ttgttgTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGcttct                                                                      <  2:2161488/91‑1 (MQ=255)

                     ttgttgTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGcttct                                                                      <  2:1934688/91‑1 (MQ=255)

                     ttgttgTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGcttct                                                                      <  1:2303611/91‑1 (MQ=255)

                      tgttgtGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGcttctt                                                                     <  2:647303/91‑1 (MQ=255)

                       gttgtGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGTTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTg                                                                    >  1:1685269/1‑91 (MQ=255)

                         tgtgCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCTCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGaa                                                                  >  1:3500791/1‑91 (MQ=255)

                          gtgCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTCATTTGATACAGCCGCACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAAt                                                                 >  2:821361/1‑91 (MQ=255)

                           tgCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAAtc                                                                <  1:2875464/91‑1 (MQ=255)

                           tgCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTCCTGCTTCTCTATTAGCTTCTTGAAtc                                                                >  2:3422473/1‑91 (MQ=21)

                             cTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAAtctc                                                              >  2:638887/1‑91 (MQ=255)

                              tttCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCGCACTTTTATCCGCTTCTGTTTGAGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATctct                                                             <  2:2616945/91‑1 (MQ=17)

                              tttCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATctct                                                             <  1:3806962/91‑1 (MQ=255)

                                 cAATGCCACTGCTTTTGGTTCTTCATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTtgt                                                          <  2:426128/91‑1 (MQ=255)

                                 cAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTtgt                                                          <  1:2473094/91‑1 (MQ=255)

                                   aTGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGc                                                        >  1:2941069/1‑91 (MQ=255)

                                    tGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGct                                                       >  1:3872449/1‑91 (MQ=255)

                                    tGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGct                                                       <  1:1299789/91‑1 (MQ=255)

                                      ccACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGcttc                                                     >  1:2790296/1‑91 (MQ=255)

                                       cACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGcttct                                                    >  2:2913799/1‑91 (MQ=255)

                                        aCTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCGCACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGcttctt                                                   <  2:2357523/91‑1 (MQ=255)

                                        aCTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGcttctt                                                   >  1:2410878/1‑91 (MQ=255)

                                        aCTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGcttctt                                                   >  1:2774634/1‑91 (MQ=255)

                                        aCTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGcttctt                                                   >  1:544226/1‑91 (MQ=255)

                                         cTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTtg                                                  <  1:2364095/91‑1 (MQ=255)

                                          tGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTtgt                                                 >  2:1846317/1‑91 (MQ=255)

                                           gCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGTTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTtgtg                                                >  1:2968552/1‑91 (MQ=255)

                                           gCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGTTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTtgtg                                                >  2:1425426/1‑91 (MQ=255)

                                           gCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTtgtg                                                >  2:1702172/1‑91 (MQ=255)

                                            cTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGa                                               >  1:729593/1‑91 (MQ=255)

                                             ttttGATTCTTTATTTGATACAGCTACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGAt                                              <  2:2273026/91‑1 (MQ=255)

                                             ttttGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGAt                                              <  1:902295/91‑1 (MQ=255)

                                               ttGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGt                                            >  1:3468333/1‑91 (MQ=255)

                                                tGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTa                                           >  2:865837/1‑91 (MQ=255)

                                                  aTTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGTTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATc                                         <  2:1148713/91‑1 (MQ=255)

                                                   ttCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGTTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCa                                        <  2:456316/91‑1 (MQ=255)

                                                     cTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACt                                      >  1:1952533/1‑91 (MQ=255)

                                                     cTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACt                                      >  1:20567/1‑91 (MQ=255)

                                                      tttATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGTTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACtt                                     <  2:3834358/91‑1 (MQ=255)

                                                       ttATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTa                                    <  1:1834579/91‑1 (MQ=255)

                                                        tATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTaa                                   >  1:1020487/1‑91 (MQ=255)

                                                           ttGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAatt                                <  2:3270059/91‑1 (MQ=255)

                                                            tgttACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAatta                               <  2:3959299/88‑1 (MQ=255)

                                                              aTACAGCCAGACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAattatt                             <  1:3780564/91‑1 (MQ=255)

                                                              aTACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAattatt                             <  2:2094814/91‑1 (MQ=255)

                                                              aTACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAattatt                             >  2:621327/1‑91 (MQ=255)

                                                                aCAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCCCTTAAATTATTTg                           >  2:350037/1‑91 (MQ=255)

                                                                aCAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTg                           >  1:319545/1‑91 (MQ=255)

                                                                 cAGCCGCACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGc                          <  2:1042576/91‑1 (MQ=255)

                                                                   gCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCAc                        >  2:454825/1‑91 (MQ=255)

                                                                   gCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCAc                        >  2:2712974/1‑91 (MQ=255)

                                                                     cacaCTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACtt                      <  1:2110778/91‑1 (MQ=255)

                                                                      acacTTTTATCCGCTTCTGTTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTg                     <  1:3927910/91‑1 (MQ=255)

                                                                        ccTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGct                   <  2:2216463/90‑1 (MQ=255)

                                                                        acTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGct                   <  1:3884449/91‑1 (MQ=255)

                                                                          ttttATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGcttc                 <  1:821361/91‑1 (MQ=255)

                                                                           tttATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGcttct                >  1:1241545/1‑91 (MQ=255)

                                                                            ttATCCGTTTCTGCTTGTGCTTCTTTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGcttctt               <  1:1870400/91‑1 (MQ=255)

                                                                             tATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGcttcttc              >  2:1092345/1‑91 (MQ=255)

                                                                             tATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGcttcttc              >  1:1200001/1‑91 (MQ=255)

                                                                                 cGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCtttt          >  1:1001092/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  gCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCTTTTa         <  1:411280/91‑1 (MQ=255)

                                                                                   cTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCTTTTAt        >  2:3185188/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   cTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCTTTTAt        >  1:268390/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   cTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCTTTTAt        >  1:1585495/1‑91 (MQ=255)

                                                                                    ttCTGCTTGTGCTTGTCTTTTACATTCTTGTTTCTCTTGTGCTGCTTGTGTTGTCTCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTATTTTATc       <  2:3680719/91‑1 (MQ=14)

                                                                                    ttCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCTTTTATc       <  1:639001/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     tCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCTTTTATCg      >  1:1603128/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        gCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCTTTTATCgctg   >  2:2820904/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         cTTGTGCTTCTTTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCTTTTATCgctgc  <  2:1560965/91‑1 (MQ=18)

TGCTTCTTCTTTTATCGCTGCTTGTTGTGCTTTCAATGCCACTGCTTTTGATTCTTTATTTGATACAGCCACACTTTTATCCGCTTCTGCTTGTGCTTCTCTTTTAGCTTCTTGAATCTCTTGTGCTTCTTGTGATGTATCACTTAAATTATTTGCACTTGCTTCTTCTTTTATCGCTGC  >  USA300TCH1516_ALE/1857882‑1858061

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`