| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,909,137 | T→A | 5.2% | intergenic (‑203/‑57) | tal ← / → USA300HOU_RS09460 | Transaldolase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,909,137 | 0 | T | A | 5.2% | 911.5 / 27.2 | 267 | intergenic (‑203/‑57) | tal/USA300HOU_RS09460 | Transaldolase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (106/146); new base A (2/12); total (108/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
TCACGCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCT > USA300TCH1516_ALE/1909047‑1909226 | cACGCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTg < 2:2719643/91‑1 (MQ=255) aCGCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGt < 2:2511032/91‑1 (MQ=255) gCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATGAAACAATAGttt < 1:3047716/91‑1 (MQ=255) gCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGttt < 2:2186370/91‑1 (MQ=255) gCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGttt < 2:1327972/91‑1 (MQ=255) gCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGttt < 2:1328038/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |