| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,123,779 | 0 | T | A | 5.5% | 916.6 / 26.1 | 269 | intergenic (‑39/‑94) | USA300HOU_RS10825/lexA_2 | hypothetical protein/LexA repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/117); new base A (8/8); total (144/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TCTTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCGTATTGTCAACATTAAATACGTTTTTTTCGTAAAAAACTTTACTATGATATGAAAATTTCGTATAATAAGAAAAAAGGAGGTAAGT > USA300TCH1516_ALE/2123691‑2123869 | tctTTTTGAGTCAATCCGTAATCCGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAGCCTAATATAATACGAAAttt < 2:1437516/91‑1 (MQ=255) ctTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAAtttt < 2:1137249/91‑1 (MQ=255) ctTTGTGAGTCTATGCGTGATCAGGCCTCGGCTCTTTTAATGTGTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAGTATAATACGAAAtttt < 2:1364966/91‑1 (MQ=255) ttttGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCg < 1:1421374/91‑1 (MQ=255) tttGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCATTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCGt > 1:3237490/1‑91 (MQ=255) tGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCGTAt < 1:3503559/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |