| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,165,416 | A→T | 5.4% | intergenic (‑384/‑94) | tsaE ← / → ilvD | tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE/Dihydroxy‑acid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,165,416 | 0 | A | T | 5.4% | 644.3 / 18.3 | 198 | intergenic (‑384/‑94) | tsaE/ilvD | tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE/Dihydroxy‑acid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (87/99); new base T (8/3); total (96/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TATACTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCAATAATATTGGGACGTTTTTTTATGTTTTATCTTTCAATTACTTATTTTTATTACTATAAAACATGATTAATCATTAAAATTTACGGGGGAATTT > USA300TCH1516_ALE/2165326‑2165506 | tataCTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCaataa > 1:2254919/1‑91 (MQ=255) ataCTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCaataat < 1:2338910/91‑1 (MQ=255) aCTCTTTAGGACTCGAATGTTAGTAAATATTTTCTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCAAtattat < 1:3385243/91‑1 (MQ=255) aCTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCACTAatat > 2:2876698/1‑91 (MQ=255) aCTCTTTAGGACTCGAACGTGAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCAAtattat < 2:2193286/91‑1 (MQ=255) ctctTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCAATattatt < 2:1909865/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |