Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,172,078 | T→A | 11.5% | F43I (TTT→ATT) | leuB → | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,172,078 | 0 | T | A | 11.5% | 554.1 / 47.6 | 184 | F43I (TTT→ATT) | leuB | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (84/78); new base A (11/10); total (96/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.55e-01 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
ATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTG > USA300TCH1516_ALE/2171988‑2172168 | aTCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑C‑GCACCACGAAt > 2:3842933/1‑91 (MQ=255) aTCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAACATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAAt > 2:402926/1‑91 (MQ=255) cGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAAttt > 2:993471/1‑91 (MQ=255) cGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAAttt > 1:1895868/1‑91 (MQ=255) ggTCCAGAAATTGTGAACGGAGCTCTATCATTGCTTGGAATGCTAAGTAATACATATAACTTTATGTATCAAATAGCG‑GCACCACCAAgtt < 2:2235179/91‑1 (MQ=255) gTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTtgg > 1:880680/1‑91 (MQ=255) gTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTtgg < 1:2439174/91‑1 (MQ=255) gTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTtgg < 1:3361522/91‑1 (MQ=255) gTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTtgg > 1:1815854/1‑91 (MQ=255) tCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTtggt > 2:2853442/1‑91 (MQ=255) tCCAGAAATTTTGAACGGATCGCGATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTtggt < 2:306170/91‑1 (MQ=255) ccAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTtggtg > 1:3021734/1‑91 (MQ=255) cAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTtggtgg < 1:1022387/91‑1 (MQ=255) aGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTggtggt < 1:3523713/91‑1 (MQ=255) gAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑AGGCACCACCAAATTcgtggt < 2:3825896/91‑1 (MQ=38) aaaTTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑AGGCACCACCAAATTCgtggtg < 2:826845/91‑1 (MQ=37) aaaTTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGc < 2:2928994/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑AGGCACCACCAAATTCgtggtg < 2:3864402/91‑1 (MQ=37) aaTTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGcc > 1:2939986/1‑91 (MQ=255) aTTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCct < 2:1474128/91‑1 (MQ=255) ttttGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCctc > 2:2569256/1‑91 (MQ=255) tGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑t > 2:3180745/1‑91 (MQ=255) tGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑t < 2:1116185/91‑1 (MQ=255) gAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑AGGCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTA‑tt < 2:3280407/91‑1 (MQ=25) gAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑tt > 1:2581337/1‑91 (MQ=255) aCGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGa < 1:728662/91‑1 (MQ=255) aCGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATAGAACTTTAATTATCAAATAG‑AGGCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTA‑tttg < 2:232632/91‑3 (MQ=21) aCGGATCTCTATCACTGCTTGAAGCTATAAGTAATAAATATAAGTTTAATTATCGAATAG‑A‑GCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTA‑tttga < 2:3677822/91‑4 (MQ=16) cGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGAt < 2:2720682/91‑1 (MQ=255) ggATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATa > 1:1733888/1‑91 (MQ=255) gATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATAc > 1:125484/1‑91 (MQ=255) aTCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACa < 1:3920109/91‑1 (MQ=255) tctcTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACAt < 1:996770/91‑1 (MQ=255) tctcTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACAt > 1:3860170/1‑91 (MQ=255) tctcTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACAt < 1:3598111/91‑1 (MQ=255) tATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCgg > 1:2523004/1‑91 (MQ=255) aTTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAg > 2:3387012/1‑91 (MQ=255) ttGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGc > 2:2311315/1‑91 (MQ=255) ttGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGc > 2:2309741/1‑91 (MQ=255) tGCTTGAAATTATAAGTAATAACTATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGcc > 2:1102030/1‑91 (MQ=255) gCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCt < 1:804225/91‑1 (MQ=255) gCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCt < 1:2577048/91‑1 (MQ=255) cTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCtt < 1:1489028/91‑1 (MQ=255) ttGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCttt > 1:463257/1‑91 (MQ=255) tGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTa > 1:2305761/1‑91 (MQ=255) gAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTaa > 1:1634382/1‑91 (MQ=255) aaaTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAAc < 1:1441979/91‑1 (MQ=255) aaaTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAAc > 2:1749700/1‑91 (MQ=255) aaTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt < 1:938891/91‑1 (MQ=255) aaTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt < 1:2929064/91‑1 (MQ=255) aaTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt > 2:1062176/1‑91 (MQ=255) aTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTg < 1:366608/91‑1 (MQ=255) tataAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTgag < 2:865351/91‑1 (MQ=255) ataAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTgaga < 1:3626866/91‑1 (MQ=255) aaGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGaaa > 1:2160224/1‑91 (MQ=255) aGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGaaaa > 1:2492590/1‑91 (MQ=255) aataaataTAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCt < 1:2216033/91‑1 (MQ=255) ataaataTAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAACTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCCAGCCTCTAACTGCGAAAACCtt > 2:243025/1‑91 (MQ=255) aaataTAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTaa < 1:1060265/91‑1 (MQ=255) tataACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATg < 2:1203800/91‑1 (MQ=255) tataACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATg < 2:621729/91‑1 (MQ=255) tataACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATg < 2:1359328/91‑1 (MQ=255) ataACTTTAATGATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGc < 1:3577538/91‑1 (MQ=255) taACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCg < 1:1993048/91‑1 (MQ=255) taACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCg < 2:3039409/91‑1 (MQ=255) aaCTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCgt < 1:3761062/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGAGAGCCTCTAACTGAGAAAACCTTAAATGCgtg > 2:1623694/1‑91 (MQ=255) cTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCgtgt > 1:1276026/1‑91 (MQ=255) ttAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTaa > 1:1330236/1‑91 (MQ=255) aaTTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTaaaa < 1:910506/91‑1 (MQ=255) aaTTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTaaaa > 1:1145181/1‑91 (MQ=255) ttATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAaga < 1:394434/91‑1 (MQ=255) tATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGTTGGTGCCGCTA‑TTGTTACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAAAAAACCTTAAATGCGTGTAAAagag < 1:3507782/91‑1 (MQ=255) tATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACCTTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAcgag > 2:1957109/1‑91 (MQ=255) tCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCa < 2:3894000/91‑1 (MQ=255) tCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCa > 2:2118264/1‑91 (MQ=255) tcaaTAG‑AGGCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTATTTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCa > 1:711013/3‑91 (MQ=17) cAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAg > 1:49484/1‑91 (MQ=255) cAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGACCAg > 1:3194800/1‑91 (MQ=255) aTAG‑AGGCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTATTTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTACAAGAGCAGAt > 2:270910/1‑91 (MQ=18) aTAG‑AGGCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTATTTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGAt > 2:3107851/1‑91 (MQ=18) aTAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAATAGCatctg < 1:571683/91‑5 (MQ=255) tAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGc < 2:3771425/91‑1 (MQ=255) aggCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAACCCCTTAAATGCGTGTAAAAGCGCCGATGCTAt > 2:3885398/3‑91 (MQ=21) a‑gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAt < 1:2338974/91‑1 (MQ=255) gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGCTACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtt > 2:3446694/1‑91 (MQ=255) gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtt < 2:626659/91‑1 (MQ=255) gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtt > 2:2180672/1‑91 (MQ=255) gCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAttt > 1:2808540/1‑91 (MQ=38) caccacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAttt < 2:1051518/91‑1 (MQ=255) accacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGACAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtttt > 2:3118295/1‑91 (MQ=255) accacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtttt < 1:1669924/91‑1 (MQ=255) accacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtttt > 2:2972482/1‑91 (MQ=255) accacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtttt > 2:2972468/1‑91 (MQ=255) ccacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTa > 1:2289436/1‑91 (MQ=255) cacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTAc > 1:3548333/1‑91 (MQ=255) acGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACGTTCGGCGAGCCTTTAACTGAGATATCCTTATATGCGTGTAAAAGTGCTGATGCTATTTTACt < 2:417599/91‑1 (MQ=255) aTTGGGTGGTGCCTCTA‑TTTATGCATGCGGCGAGCCTTTAGCTGAGAAAGCCGTAGGTGCGTGTAACAGCGCAGATGCTATTTTACTGGGt < 2:922219/91‑1 (MQ=255) tttGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTg < 2:1218244/91‑1 (MQ=255) tttGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTg < 2:1590935/91‑1 (MQ=255) | ATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAG‑A‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTG > USA300TCH1516_ALE/2171988‑2172168 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |