| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,172,081 | G→C | 11.6% | G44R (GGT→CGT) | leuB → | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,172,081 | 0 | G | C | 11.6% | 561.3 / 48.4 | 172 | G44R (GGT→CGT) | leuB | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (78/74); new base C (12/8); total (90/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAA > USA300TCH1516_ALE/2171991‑2172171 | ggTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtg < 2:964900/91‑1 (MQ=255) gTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtgg > 1:880680/1‑91 (MQ=255) gTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtgg < 1:2439174/91‑1 (MQ=255) gTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtgg < 1:3361522/91‑1 (MQ=255) tCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtggt > 2:2853442/1‑91 (MQ=255) tCCAGAAATTTTGAACGGATCGCGATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtggt < 2:306170/91‑1 (MQ=255) ccAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtggtg > 2:2949171/1‑91 (MQ=255) ccAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtggtg > 1:3021734/1‑91 (MQ=255) cAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtggtgg < 1:1022387/91‑1 (MQ=255) cAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtggtgg < 1:1506857/91‑1 (MQ=255) aGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTggtggt > 1:1708944/1‑91 (MQ=255) aGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTggtggt < 1:3523713/91‑1 (MQ=255) gAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGAGGCACCACCAAATTcgtggt < 2:3825896/91‑1 (MQ=38) gAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGgtggtg < 2:905593/91‑1 (MQ=255) gAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCCTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGAGGCACCACCAAATTcgtggt < 2:510795/91‑1 (MQ=37) aaTTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGAGGCACCACCAAATTCGTGGTGc < 1:175118/91‑1 (MQ=37) aaTTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGcc < 2:2253535/91‑1 (MQ=255) aaTTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGcc > 1:2939986/1‑91 (MQ=255) aTTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCct < 2:1474128/91‑1 (MQ=255) tGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑t > 2:3180745/1‑91 (MQ=255) gAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGAGGCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTA‑tt < 2:3280407/91‑1 (MQ=25) gAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑tt > 1:2581337/1‑91 (MQ=255) aaCGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTg > 2:2197157/1‑91 (MQ=255) aCGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGa < 1:728662/91‑1 (MQ=255) aCGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGa > 2:2717917/1‑91 (MQ=255) aCGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGa > 1:1444419/1‑91 (MQ=255) aCGGATCTCTATCACTGCTTGAAGCTATAAGTAATAAATATAAGTTTAATTATCGAATAGA‑GCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTA‑tttga < 2:3677822/91‑4 (MQ=16) gATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATAc > 1:125484/1‑91 (MQ=255) aTCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACa < 1:3920109/91‑1 (MQ=255) tctcTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACAt > 1:3860170/1‑91 (MQ=255) tctcTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACAt < 1:996770/91‑1 (MQ=255) tctcTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACAt > 2:409652/1‑91 (MQ=255) tctcTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACAt < 1:3598111/91‑1 (MQ=255) tATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCgg > 1:2523004/1‑91 (MQ=255) tATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCgg > 2:2928689/1‑91 (MQ=255) aTCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGc > 2:389062/1‑91 (MQ=255) aTCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGc > 2:2319687/1‑91 (MQ=255) aTTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAg > 2:3387012/1‑91 (MQ=255) ttGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGc > 2:2309772/1‑91 (MQ=255) gCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCt < 1:2577048/91‑1 (MQ=255) gCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCt < 1:804225/91‑1 (MQ=255) ttGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCttt > 1:463257/1‑91 (MQ=255) tGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTa > 1:2305761/1‑91 (MQ=255) aaaTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAAc > 2:1749700/1‑91 (MQ=255) aaTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt < 2:862877/91‑1 (MQ=255) aaTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt < 1:938891/91‑1 (MQ=255) aTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTg < 1:366608/91‑1 (MQ=255) ttATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTga < 1:1657558/91‑1 (MQ=255) ataAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTgaga < 1:3626866/91‑1 (MQ=255) aaGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGaaa > 1:2160224/1‑91 (MQ=255) aGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGcaaa > 2:3848706/1‑91 (MQ=255) aGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGaaaa > 1:2492590/1‑91 (MQ=255) aataaataTAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCt < 1:2216033/91‑1 (MQ=255) aaataTAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTaa < 1:1060265/91‑1 (MQ=255) tataACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATg < 2:1203800/91‑1 (MQ=255) tataACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATg < 2:1359328/91‑1 (MQ=255) ataACTTTAATGATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGc < 1:3577538/91‑1 (MQ=255) taACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCg < 2:3039409/91‑1 (MQ=255) taACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCg < 1:1993048/91‑1 (MQ=255) aaCTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCgt < 1:3761062/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGAGAGCCTCTAACTGAGAAAACCTTAAATGCgtg > 2:1623694/1‑91 (MQ=255) cTTTAATTATTAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCgtgt > 2:1055697/1‑91 (MQ=255) cTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCgtgt > 1:1276026/1‑91 (MQ=255) tttAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTa > 1:137995/1‑91 (MQ=255) aaTTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTaaaa > 1:1145181/1‑91 (MQ=255) aaTTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTaaaa < 1:910506/91‑1 (MQ=255) aTTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGGAAAag < 2:2434247/91‑1 (MQ=255) ttATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAaga < 1:394434/91‑1 (MQ=255) tATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGTTGGTGCCGCTA‑TTGTTACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAAAAAACCTTAAATGCGTGTAAAagag < 1:3507782/91‑1 (MQ=255) tATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACCTTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAcgag > 2:1957109/1‑91 (MQ=255) tcaaTAGAGGCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTATTTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCa > 1:711013/3‑91 (MQ=17) cAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAg > 2:1114447/1‑91 (MQ=255) cAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAg > 1:49484/1‑91 (MQ=255) cAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGACCAg > 1:3194800/1‑91 (MQ=255) caaTAGAGGCACCACCAAATTCGAGGTG‑CTCTATTTGATACATCCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAACCCTTAAATGCCTGTAAAAGAGCAg > 2:2145209/2‑91 (MQ=9) aTAGAGGCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTATTTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGAt > 2:3107851/1‑91 (MQ=18) aTAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAATAGCatctg < 1:571683/91‑5 (MQ=255) tAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGc < 2:3771425/91‑1 (MQ=255) aga‑gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAACCCCTTAAATGCGTGTAAAATAGCATCTGCt < 2:2651595/91‑1 (MQ=255) ga‑gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCATTTAACTGAGAAAGCCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTa < 2:3873192/91‑1 (MQ=255) a‑gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAt < 1:2338974/91‑1 (MQ=255) ggCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtt > 1:1842209/2‑91 (MQ=37) gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGCTACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtt > 2:3446694/1‑91 (MQ=255) gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtt < 2:626283/91‑1 (MQ=255) gCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAttt > 1:2808540/1‑91 (MQ=38) caccacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAttt < 2:2373912/91‑1 (MQ=255) accacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGACAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtttt > 2:3118295/1‑91 (MQ=255) accacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtttt > 2:2972482/1‑91 (MQ=255) ccacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTa > 1:1323796/1‑91 (MQ=255) ccacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTa > 1:2289436/1‑91 (MQ=255) ccacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTa > 2:1097410/1‑91 (MQ=255) cacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTAc > 1:3548333/1‑91 (MQ=255) cGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTg > 2:688512/1‑91 (MQ=255) aTTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGt < 1:2868693/91‑1 (MQ=255) tttGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTg < 2:1590935/91‑1 (MQ=255) tttGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTg < 2:1218244/91‑1 (MQ=255) ttGGTGGAGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGc < 1:1955536/91‑1 (MQ=255) ggtggtGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCaa > 2:2020686/1‑91 (MQ=255) ggtggtGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCaa > 2:1715869/1‑91 (MQ=255) ggtggtGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCaa < 1:987840/91‑1 (MQ=255) | GGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAA > USA300TCH1516_ALE/2171991‑2172171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |