| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 115,765 | T→A | 5.3% | intergenic (+32/‑119) | btr → / → yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 115,765 | 0 | T | A | 5.3% | 813.0 / 24.7 | 240 | intergenic (+32/‑119) | btr/yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (101/125); new base A (9/4); total (111/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.47e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TTAAAATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGATTAATCAT > USA300TCH1516_ALE/115675‑115855 | taaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATa < 1:3221844/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATaa > 2:1442506/1‑91 (MQ=255) aaaaTGATTACGAATGGGATTCACTTAACTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAACTGATCACAACTCACAAATCTTGATATA‑CATaa > 2:1567242/1‑91 (MQ=255) aaaTGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAAt < 2:1112612/91‑1 (MQ=255) aaaTGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAAt > 1:2646974/1‑91 (MQ=255) aTGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACGCAAGTTCATCAAATGATCACAAATCACAATTTTTGATATA‑CATAAttt < 2:3796744/91‑1 (MQ=255) 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ata‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGATTa < 2:724163/91‑1 (MQ=255) cATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGATTAATc < 2:2188540/91‑1 (MQ=255) aTAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGATTatcat < 2:2135021/91‑5 (MQ=255) aTAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGATTAATCa < 1:3518720/91‑1 (MQ=255) aTAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGATTAATCa < 1:408189/91‑1 (MQ=255) aTAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGATTAATCa < 1:649553/91‑1 (MQ=255) | TTAAAATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGATTAATCAT > USA300TCH1516_ALE/115675‑115855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |