| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,216,257 | G→A | 38.5% | S178L (TCA→TTA) | sceD ← | putative transglycosylase SceD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,216,257 | 0 | G | A | 38.5% | 169.3 / 216.3 | 197 | S178L (TCA→TTA) | sceD | putative transglycosylase SceD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/60); new base A (34/42); total (95/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GGAGCATTTGCTGGTGATACACCTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTGGATTTACAGCATGAATATTGCCACCTGATTCACGTTGAGCAATTTGTTTTAGATGAGCATTCACATTTACTGATGAACCTTCTG > USA300TCH1516_ALE/2216167‑2216347 | ggAGCATTTGCTGGTGATACACCTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTg > 1:574009/1‑91 (MQ=255) tttGCTGGTGATACACCTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTAATGTTg < 1:2114791/91‑1 (MQ=255) tttGCTGGTGATACACCTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTAATGTTg < 2:3662290/91‑1 (MQ=255) ttGCTGGTGATACACCTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTgg < 2:1668603/91‑1 (MQ=255) tGCTGGTGATACACCTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTGGa < 2:3055015/91‑1 (MQ=255) tGCTGGTGATACACCTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTAATGTTGGa < 2:1435331/91‑1 (MQ=255) 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cacCTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTAATGTTGGATTTACAGCATg < 1:1211291/91‑1 (MQ=255) ccTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCCAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTGGATTTACAGCATGaa > 2:3249566/1‑91 (MQ=255) ccTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTGGATTTACAGCATGaa < 1:3336201/91‑1 (MQ=255) ccTTTATAGTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTAATGTTGGATTTACAGCATGaa < 2:1847202/91‑1 (MQ=255) cTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTGGATTTACAGCATGAat > 2:3604819/1‑91 (MQ=255) cTTTATATTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTAGATTTACAGCATGAat < 1:1868347/91‑1 (MQ=255) tataTTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTGGATTTACAGCATGAATAtt > 1:2626008/1‑91 (MQ=255) tataTTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTAATGTTGGATTTACAGCATGAATAtt > 2:2726913/1‑91 (MQ=255) atatTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTGGATTTACAGCATGAATATTg > 2:3836595/1‑91 (MQ=255) tgtttAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTGGATTTACAGCATGAATATTGc < 2:1698511/89‑1 (MQ=255) tatTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTGGATTTACAGCATGAATATTGc > 1:2533171/1‑91 (MQ=255) tatTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTAATGTTGGATTTACAGCATGAATATTGc < 1:1365466/91‑1 (MQ=255) tatTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTAATGTTGGATTTACAGCATGAATATTGc < 1:3171999/91‑1 (MQ=255) atTTAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTAATGTTGGATTTACAGCATGAATATTGcc > 2:2867677/1‑91 (MQ=255) tAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTGATGTTGGATTTACAGCATGAATATTGCCAcc > 1:3915523/1‑91 (MQ=255) tAGCAGGTGCTACTGAATCCCAAGTTGATTGTAAGAATTGATACTTACCAGCTGCACCTAATGTTGGATTTACAGCATGAATATTGCCAcc < 1:2957016/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |