| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,243,499 | T→A | 17.4% | intergenic (+77/+32) | USA300HOU_RS11475 → / ← pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,243,499 | 0 | T | A | 17.4% | 697.7 / 138.1 | 270 | intergenic (+77/+32) | USA300HOU_RS11475/pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/104); new base A (20/27); total (139/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
ACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATA‑CCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCG > USA300TCH1516_ALE/2243409‑2243589 | gcTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATA‑CCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGttt < 2:1612849/90‑1 (MQ=255)aCTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATA‑CCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGttt < 1:2109430/91‑1 (MQ=255) cTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATA‑CCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTa > 2:1092882/1‑91 (MQ=255) cTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATA‑CCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTa > 2:2752765/1‑91 (MQ=255) cTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTAATA‑CCTTGTTACTATCATATTATTAAAAAAAAACAAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTa < 2:773471/91‑1 (MQ=255) attAGAATTATAAAAGTCACTATTGATATTTCATA‑CCTTGTCACTAACATAATATTAAAAAAAAAAAAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTa < 2:3726680/90‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |