Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,328,872 | G→C | 6.0% | F264L (TTC→TTG) | lacE ← | PTS system lactose‑specific EIICB component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,328,872 | 0 | G | C | 6.0% | 651.3 / 25.2 | 186 | F264L (TTC→TTG) | lacE | PTS system lactose‑specific EIICB component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/85); new base C (4/7); total (94/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TGTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGAATAATGCA > USA300TCH1516_ALE/2328782‑2328962 | tGTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTg > 2:3610819/1‑91 (MQ=255) tGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAg < 2:541573/91‑1 (MQ=255) gCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTATACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGaaat < 2:381350/91‑3 (MQ=255) cACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGt < 1:787955/91‑1 (MQ=255) cACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGtt > 2:388162/1‑91 (MQ=255) aCCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTc > 2:1623538/1‑91 (MQ=255) cGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGttgct < 1:648619/91‑4 (MQ=255) cGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCt < 2:2643487/91‑1 (MQ=255) tACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTc > 1:870023/1‑91 (MQ=255) tACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTc > 1:1821050/1‑91 (MQ=255) tACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTc > 1:2527324/1‑91 (MQ=255) tCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGata > 1:3436093/1‑91 (MQ=255) tCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGata < 2:1562977/91‑1 (MQ=255) cAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATAtt > 1:1448950/1‑91 (MQ=255) cAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATAtt > 1:11412/1‑91 (MQ=255) aaaTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTc > 1:220635/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCg > 1:3482413/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCg > 1:1350921/1‑91 (MQ=255) aTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGc > 1:1460356/1‑91 (MQ=255) aTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGc > 2:3631391/1‑91 (MQ=255) aTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGc < 2:1381772/91‑1 (MQ=255) tGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCa > 1:3545599/1‑91 (MQ=255) gTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCat > 2:3591489/1‑91 (MQ=255) tAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCata > 2:2286180/1‑91 (MQ=255) aaCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCatat < 2:669080/91‑1 (MQ=255) aaCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCatat > 1:2924531/1‑91 (MQ=255) aaCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCatat > 1:1947435/1‑91 (MQ=255) aCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATg > 2:1594063/1‑91 (MQ=255) aCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATg < 2:2185168/91‑1 (MQ=255) aCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATg > 2:1851536/1‑91 (MQ=255) aCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATg < 2:3124962/91‑1 (MQ=255) aCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGAGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGCTGTTCGCTTCGATATTCGCATATg > 2:3668884/1‑91 (MQ=255) cGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGt > 1:2616230/1‑91 (MQ=255) cGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGt < 2:1841674/91‑1 (MQ=255) aTAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTaa < 2:2324910/91‑1 (MQ=255) aaCATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATgg < 1:627111/91‑1 (MQ=255) aaCATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATgg > 2:3928791/1‑91 (MQ=255) aCATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGc < 2:2011949/91‑1 (MQ=255) aCATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTAAAGTTCGCTTCGATCTTCGCATATGTAATGGc > 1:3384751/1‑91 (MQ=255) cATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCt > 2:1939662/1‑91 (MQ=255) tttGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTgt < 2:2636496/91‑2 (MQ=255) tttGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGc > 2:2129645/1‑91 (MQ=255) tttGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGc < 1:2787385/91‑1 (MQ=255) ttGTGTTCCTGATGTAATAATTTAATCTGCGTGTTCTCCAGCTTTAAGC‑AACTTGAAGTTCTCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCa < 2:3540247/91‑1 (MQ=255) tACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGc < 1:1153533/91‑1 (MQ=255) tGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAGAGGCAGCAATTGcagcc < 2:3361440/91‑5 (MQ=255) gATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGct < 2:3265003/91‑1 (MQ=255) tGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGctct < 1:1525818/91‑1 (MQ=255) gTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTa < 2:109141/91‑1 (MQ=255) taataaTTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTAc > 1:4498/1‑91 (MQ=255) taataaTTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTAc > 1:1338275/1‑91 (MQ=255) aataatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACa < 1:1517100/91‑1 (MQ=255) aatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAAtt > 1:2420570/1‑91 (MQ=255) atTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AGCTTGAAGTTCGCGTCGATATTGGCACATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTg < 1:3156877/91‑1 (MQ=255) atTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTg < 2:1300587/91‑1 (MQ=255) atTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTg < 2:2534801/91‑1 (MQ=255) atTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTg < 2:69936/91‑1 (MQ=255) ttttATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGa < 1:2826408/91‑1 (MQ=255) ttttATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGa > 1:2164802/1‑91 (MQ=255) ttATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGGAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACg < 2:3760029/91‑1 (MQ=255) tagcTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACgg < 2:2043042/88‑1 (MQ=255) tATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACgg > 1:2999787/1‑91 (MQ=255) tATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACgg < 1:2741982/91‑1 (MQ=255) tCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGAc > 1:1757957/1‑91 (MQ=255) cTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGAcc > 1:3488479/1‑91 (MQ=255) tGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCa > 1:1262437/1‑91 (MQ=255) tGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCACATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCa < 1:81672/91‑1 (MQ=255) gCGTGTTCTCCAGCTGGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCAt < 2:20416/91‑1 (MQ=255) ttCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATa < 2:3801205/91‑1 (MQ=255) ttCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATa < 2:3703881/91‑1 (MQ=255) tctcCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATAc > 1:2039891/1‑91 (MQ=255) tctcCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATAc > 1:2834528/1‑91 (MQ=255) ctcCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATAcc < 2:1509433/91‑1 (MQ=255) tcCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCt < 1:739288/91‑1 (MQ=255) ccAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGTATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCGACAATTGACGGACCATGAACACCTa > 1:3671300/1‑91 (MQ=255) ccAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTa < 1:2529827/91‑1 (MQ=255) gCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACaa > 1:1572746/1‑91 (MQ=255) cTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACaaa > 2:2668519/1‑91 (MQ=255) 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gcgaaCTTCAAGTT‑GCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACAGACCATGAATACCTACAAACCAGaa > 1:3691533/4‑91 (MQ=255) gC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaa > 1:937120/1‑91 (MQ=255) gC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaa > 1:698715/1‑91 (MQ=255) gC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaa > 1:2286588/1‑91 (MQ=255) gC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaa > 1:2190467/1‑91 (MQ=255) c‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaat < 1:3053608/91‑1 (MQ=255) aaCTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaata < 2:1655557/91‑1 (MQ=255) aaCTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaata > 1:996442/1‑91 (MQ=255) aCTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaataa > 1:1474986/1‑91 (MQ=255) aCTTCAAGTT‑GCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaataat > 1:2990528/1‑91 (MQ=255) cTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaataat > 2:3773175/1‑91 (MQ=255) cTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaataat < 1:3751378/91‑1 (MQ=255) cTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaataat < 2:767730/91‑1 (MQ=255) gAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGAATAATGCa < 2:2680007/91‑1 (MQ=255) | TGTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGAATAATGCA > USA300TCH1516_ALE/2328782‑2328962 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |