| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,428,877 | T→A | 5.6% | D257V (GAT→GTT) | lytR_2 ← | Transcriptional regulator LytR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,428,877 | 0 | T | A | 5.6% | 844.7 / 28.7 | 251 | D257V (GAT→GTT) | lytR_2 | Transcriptional regulator LytR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (97/137); new base A (8/6); total (106/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CCGCCTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAA > USA300TCH1516_ALE/2428787‑2428967 | ccgccTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAt > 1:822272/1‑91 (MQ=255)ccgccTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAt < 1:1937852/91‑1 (MQ=255) cgccTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATc > 2:1925612/1‑91 (MQ=255) cgccTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATc < 2:1754103/91‑1 (MQ=255) cgccTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATc > 2:1925290/1‑91 (MQ=255) cgccTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATc > 2:2059917/1‑91 (MQ=255) cgccTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATc > 1:1286901/1‑91 (MQ=255) cTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGt < 1:391213/91‑1 (MQ=255) cTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGt > 1:3061305/1‑91 (MQ=255) tGACCACTCAATTGATGTTTATTAGTCGTGTCATTAGCAGCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGttt < 2:2281655/91‑1 (MQ=255) aCCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTa < 1:3569744/91‑1 (MQ=255) ccACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTaa < 2:751424/91‑1 (MQ=255) cACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAAc < 1:1393589/91‑1 (MQ=255) cACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAAc < 2:2322676/91‑1 (MQ=255) cACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAAc < 1:56316/91‑1 (MQ=255) aCTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACa < 1:545039/91‑1 (MQ=255) aCTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAACAGATTTAACa < 1:3183272/91‑1 (MQ=255) aCTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCATCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAACAGATTTAACa < 2:1356490/91‑1 (MQ=255) cTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAACAGATTTAACat < 1:852792/91‑1 (MQ=255) tCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACatt > 2:2641801/1‑91 (MQ=255) tCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAACAGATTTAACatt < 1:2253514/91‑1 (MQ=39) tCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAACAGATTTAACatt < 1:887959/91‑1 (MQ=39) cAATTGATGCTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACatta < 1:3546538/91‑1 (MQ=255) aTTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACattatt > 2:1525218/1‑91 (MQ=255) aTTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACattatt < 2:2821162/91‑1 (MQ=255) tGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTAtttt < 1:2456213/91‑1 (MQ=255) tGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTAtttt > 2:2997393/1‑91 (MQ=255) aTGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGa > 1:1116757/1‑91 (MQ=255) tGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGaa > 1:3597245/1‑91 (MQ=255) gTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAAt < 2:3815142/91‑1 (MQ=255) gTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTCGAAt > 1:3300258/1‑91 (MQ=255) ttattaATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAAttt > 1:430199/1‑91 (MQ=255) attaATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttca < 2:1080573/91‑1 (MQ=255) attaATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttca < 2:840701/91‑1 (MQ=255) ttaATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttcat < 2:789863/91‑1 (MQ=255) taATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttcatt < 1:299072/91‑1 (MQ=255) aaTCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttcattc > 2:4683/1‑91 (MQ=255) cGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCGTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTcattcatt > 2:2237988/1‑91 (MQ=255) gtgtCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTa > 2:3601567/1‑91 (MQ=255) gtCATTAGCATCTTTATTATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGa > 2:513566/1‑91 (MQ=255) tCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGAc < 1:1302959/91‑1 (MQ=255) cATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACt > 1:2299605/1‑91 (MQ=255) aTTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTa < 1:2785902/91‑1 (MQ=255) ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt < 1:44821/91‑1 (MQ=255) ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt > 2:3582204/1‑91 (MQ=255) aGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTa < 1:13837/91‑1 (MQ=255) aTCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTaaaa > 2:339795/1‑91 (MQ=255) aTCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTaaaa < 1:2615985/91‑1 (MQ=255) cTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAtg < 2:2840896/91‑1 (MQ=255) cTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAtg < 2:2841476/91‑1 (MQ=255) ttATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAtgtg < 1:1771218/91‑1 (MQ=255) tataATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATgtgt < 1:125010/91‑1 (MQ=255) tataATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATgtgt < 2:32432/91‑1 (MQ=255) ataATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTa < 1:624117/91‑1 (MQ=255) aaTTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAAt < 2:2250277/91‑1 (MQ=255) gCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgat > 1:1892499/1‑91 (MQ=255) cTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgatg < 1:1220080/91‑1 (MQ=255) cTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgatg < 2:292859/91‑1 (MQ=255) cTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgatg < 2:289506/91‑1 (MQ=255) ttCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgatga < 1:3762884/91‑1 (MQ=255) tAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATgg > 2:2536733/1‑91 (MQ=255) tAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTGTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATgg < 2:1171199/91‑1 (MQ=255) aaTCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTAATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATggg < 2:1393837/91‑1 (MQ=255) tCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCt < 1:2930597/91‑1 (MQ=255) tCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCt < 1:2929395/91‑1 (MQ=255) tCGTATTCAAATAACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCt > 1:3033924/1‑91 (MQ=255) cGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCtt > 2:2073806/1‑91 (MQ=255) cGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAGCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCtt < 1:324456/91‑1 (MQ=255) gTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTg > 2:2486264/1‑91 (MQ=255) tATTCAAATCACCTAATGTTAAGTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGc < 2:2394032/91‑1 (MQ=255) tATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGc < 2:3287134/91‑1 (MQ=255) tATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGc > 1:1550130/1‑91 (MQ=255) aTTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGCCTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCa < 2:1227823/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATCACCTAATGTTAAATCGGTTTTGACATTATTTTGAGTTTCATTCATTAGAATATTAAAGTGTGTAATCGATGAGGGGCTTGCa < 2:242785/91‑1 (MQ=255) ttCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCaa < 1:3280290/91‑1 (MQ=255) tCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAAt > 1:1644879/1‑91 (MQ=255) tCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAAt < 1:1484744/91‑1 (MQ=255) tCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAAt > 2:2973278/1‑91 (MQ=255) cAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATc > 1:229481/1‑91 (MQ=255) aaaTCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGACTTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCt > 2:680744/1‑91 (MQ=255) aaaTCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCt > 1:103299/1‑91 (MQ=255) aaTCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCtt < 2:2009260/91‑1 (MQ=255) aTCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTa < 2:1474605/91‑1 (MQ=255) aTCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTa > 2:111771/1‑91 (MQ=255) cACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt > 1:3628142/1‑91 (MQ=255) cACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt < 2:1976448/91‑1 (MQ=255) cACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt > 1:3740676/1‑91 (MQ=255) cACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt < 2:2774866/91‑1 (MQ=255) ccTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTgg < 1:685390/91‑1 (MQ=255) aatAATGTTAAAACAGATTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTGATTgg > 2:3636868/3‑91 (MQ=38) cTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGc < 1:351608/91‑1 (MQ=255) cTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGc < 2:3117347/91‑1 (MQ=255) tAATGTTAAAACAGATTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGcc > 2:2102700/1‑91 (MQ=39) aaTGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCa < 1:2561850/91‑1 (MQ=255) aaTGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCa < 2:1339526/91‑1 (MQ=255) aTGTTAAAACAGATTTAACATTATTTTGAATTTCATTTATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCAt > 2:1623298/1‑91 (MQ=255) gTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCg < 2:2128655/91‑1 (MQ=255) aaaTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCtt > 1:3115816/1‑91 (MQ=255) aaTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTc > 1:1437137/1‑91 (MQ=255) aTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCa < 1:3091086/91‑1 (MQ=255) | CCGCCTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAA > USA300TCH1516_ALE/2428787‑2428967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |