Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 2,428,879 T→A 5.9% T256T (ACA→ACT) ‡ lytR_2 ← Transcriptional regulator LytR

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE2,428,8790TA 5.9% 859.4 / 30.1 250T256T (ACA→ACT) ‡lytR_2Transcriptional regulator LytR
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (91/143);  new base A (9/6);  total (100/150)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 253 total aligned reads displayed.

CCTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAGC  >  USA300TCH1516_ALE/2428790‑2428969
                                                                                         |                                                                                          
 cTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGt                                                                                          <  1:391213/91‑1 (MQ=255)
    gACCACTCAATGGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGtttt                                                                                       >  2:496350/1‑91 (MQ=255)
     aCCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTa                                                                                      <  1:3569811/91‑1 (MQ=255)
      ccACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTaa                                                                                     <  2:751424/91‑1 (MQ=255)
       cACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAAc                                                                                    <  1:1393589/91‑1 (MQ=255)
       cACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAAc                                                                                    <  1:56316/91‑1 (MQ=255)
        aCTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACa                                                                                   <  1:545039/91‑1 (MQ=255)
          tCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACatt                                                                                 <  1:2025130/91‑1 (MQ=255)
          tCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACatt                                                                                 >  2:2641801/1‑91 (MQ=255)
          tCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACatt                                                                                 >  2:2070382/1‑91 (MQ=255)
          tCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAACAGATTTAACatt                                                                                 <  1:2253514/91‑1 (MQ=39)
           cAATTGATGCTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACatta                                                                                <  1:3546538/91‑1 (MQ=255)
            aaTTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACattat                                                                               <  1:229612/91‑1 (MQ=255)
             aTTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACattatt                                                                              <  2:2821162/91‑1 (MQ=255)
             aTTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAACAGATTTAACattagg                                                                              <  2:2230284/91‑3 (MQ=38)
              ttGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTAttt                                                                             <  2:1496974/91‑1 (MQ=255)
               tGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTAtttt                                                                            >  2:2997393/1‑91 (MQ=255)
                gATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTg                                                                           <  1:318090/91‑1 (MQ=255)
                 aTGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGa                                                                          >  1:1116757/1‑91 (MQ=255)
                  tGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGaa                                                                         >  1:3597245/1‑91 (MQ=255)
                   gTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAAt                                                                        >  2:3922883/1‑91 (MQ=255)
                    tttATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAAtt                                                                       <  1:245436/91‑1 (MQ=255)
                     ttattaATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAAttt                                                                      <  1:913645/91‑1 (MQ=255)
                       attaATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttca                                                                    <  2:840701/91‑1 (MQ=255)
                        ttaATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttcat                                                                   <  2:789863/91‑1 (MQ=255)
                         taAACGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttcatt                                                                  <  1:299122/91‑1 (MQ=255)
                           aTCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttcattca                                                                >  1:3209710/1‑91 (MQ=255)
                            tCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTtcattcat                                                               <  2:1602740/91‑1 (MQ=255)
                              gtgtCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTa                                                             >  2:3601567/1‑91 (MQ=255)
                              gtgtCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTa                                                             <  1:2564083/91‑1 (MQ=255)
                                 tCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGAc                                                          <  2:2405200/91‑1 (MQ=255)
                                 tCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGAc                                                          <  1:1302959/91‑1 (MQ=255)
                                  cATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACt                                                         <  2:1272498/91‑1 (MQ=255)
                                   aTTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTa                                                        <  1:866116/91‑1 (MQ=255)
                                    ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt                                                       >  1:1463836/1‑91 (MQ=255)
                                    ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt                                                       <  1:44821/91‑1 (MQ=255)
                                    ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt                                                       <  1:44694/91‑1 (MQ=255)
                                    ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt                                                       >  2:3582204/1‑91 (MQ=255)
                                      aGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTa                                                     <  1:13837/91‑1 (MQ=255)
                                         aTCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTaaaa                                                  >  2:339795/1‑91 (MQ=255)
                                         aTCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTaaaa                                                  <  1:2615985/91‑1 (MQ=255)
                                          tCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAt                                                 <  2:1349855/91‑1 (MQ=255)
                                           cTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAtg                                                >  2:201200/1‑91 (MQ=255)
                                           cTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAtg                                                <  2:2840896/91‑1 (MQ=255)
                                           cTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAtg                                                <  2:2841476/91‑1 (MQ=255)
                                             ttATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAtgtg                                              <  1:1771218/91‑1 (MQ=255)
                                              tataATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATgtgt                                             <  1:125332/91‑1 (MQ=255)
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                                               ataATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTa                                            <  1:624117/91‑1 (MQ=255)
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                                                      cTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgatg                                     <  2:289506/91‑1 (MQ=255)
                                                          tAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATgg                                 >  2:2536733/1‑91 (MQ=255)
                                                           aaTCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATggg                                >  2:1445551/1‑91 (MQ=255)
                                                            aTCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGc                               >  1:823822/1‑91 (MQ=255)
                                                            aTCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGc                               >  2:2093105/1‑91 (MQ=255)
                                                             tCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCt                              <  1:2929416/91‑1 (MQ=255)
                                                             tCGTATTCAAATAACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCt                              >  1:3034743/1‑91 (MQ=255)
                                                              cGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCtt                             <  1:1249465/91‑1 (MQ=255)
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                                                               gTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTg                            <  2:1376044/91‑1 (MQ=255)
                                                               gTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTg                            >  2:2486264/1‑91 (MQ=255)
                                                               gTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCAGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTg                            >  2:2244062/1‑91 (MQ=255)
                                                                tATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGc                           <  2:3287134/91‑1 (MQ=255)
                                                                tATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGc                           >  1:1550130/1‑91 (MQ=255)
                                                                 aTTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTCACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGCCTATTAAAATGTGTAATCGCTGATGGGCTTGCa                          >  2:2262348/1‑91 (MQ=255)
                                                                  ttCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCaa                         <  1:3343661/91‑1 (MQ=255)
                                                                  ttCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCaa                         <  1:3280290/91‑1 (MQ=255)
                                                                   tCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAAt                        <  2:1874707/91‑1 (MQ=255)
                                                                   tCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAAt                        <  2:2286137/91‑1 (MQ=255)
                                                                   tCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGAATATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAAt                        <  1:3533018/91‑1 (MQ=255)
                                                                    cAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATc                       <  2:1224956/91‑1 (MQ=255)
                                                                     aaaTCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCt                      >  1:103299/1‑91 (MQ=255)
                                                                         cACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt                  <  2:2774866/91‑1 (MQ=255)
                                                                         cACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt                  <  2:1976448/91‑1 (MQ=255)
                                                                         cACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt                  >  1:3740676/1‑91 (MQ=255)
                                                                         aaaatAATGTTAAAACAGATTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt                  >  2:1115094/5‑91 (MQ=38)
                                                                          aCCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTg                 >  2:584845/1‑91 (MQ=255)
                                                                           ccTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTgg                <  1:685390/91‑1 (MQ=255)
                                                                           aatAATGTTAAAACAGATTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTGATTgg                >  2:3636868/3‑91 (MQ=38)
                                                                            cTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGc               <  1:3633066/91‑1 (MQ=255)
                                                                            cTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGc               <  2:3117347/91‑1 (MQ=255)
                                                                             tAATGTTAAAACAGATTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGcc              >  2:2102767/1‑91 (MQ=39)
                                                                               aTGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCAt            <  1:2962233/91‑1 (MQ=255)
                                                                               aTGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCAt            >  2:2943020/1‑91 (MQ=255)
                                                                               aTGTTAAAACAGATTTAACATTATTTTGAATTTCATTTATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCAt            >  2:1623298/1‑91 (MQ=255)
                                                                                 gNTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGNATTTCATNCATTAGACTATTAANATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTNGCCATCg          >  2:2375310/1‑91 (MQ=255)
                                                                                    aaaTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCtt       >  1:3115805/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     aaTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTc      >  1:1437137/1‑91 (MQ=255)
                                                                                      aTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCa     <  1:3090984/91‑1 (MQ=255)
                                                                                       tCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCaa    <  1:1632203/91‑1 (MQ=255)
                                                                                        cTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAGATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAg   <  2:691094/91‑1 (MQ=255)
                                                                                        cTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAg   <  2:3770681/91‑1 (MQ=255)
                                                                                        cTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAg   <  1:2808466/91‑1 (MQ=255)
                                                                                         tGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAGc  <  1:230094/91‑1 (MQ=255)
                                                                                         tGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAGc  <  2:2450787/91‑1 (MQ=255)
                                                                                         |                                                                                          
CCTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAGC  >  USA300TCH1516_ALE/2428790‑2428969

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: