Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,428,881 | T→A | 5.7% | T256S (ACA→TCA) ‡ | lytR_2 ← | Transcriptional regulator LytR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,428,881 | 0 | T | A | 5.7% | 842.5 / 29.1 | 246 | T256S (ACA→TCA) ‡ | lytR_2 | Transcriptional regulator LytR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (87/145); new base A (8/6); total (95/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAGCAC > USA300TCH1516_ALE/2428791‑2428971 | cTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGt > 1:3061305/1‑91 (MQ=255) cTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGt > 2:3593828/1‑91 (MQ=255) cTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGt < 1:391213/91‑1 (MQ=255) aCCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTa < 1:3569744/91‑1 (MQ=255) ccACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTaa < 2:751424/91‑1 (MQ=255) cACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAAc < 1:56316/91‑1 (MQ=255) cACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAAc < 1:1393589/91‑1 (MQ=255) aCTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACa < 1:545039/91‑1 (MQ=255) tCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACatt > 2:2641801/1‑91 (MQ=255) tCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACatt < 1:2025130/91‑1 (MQ=255) cAATTGATGCTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACatta < 1:3546538/91‑1 (MQ=255) aaTTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACattat < 1:229612/91‑1 (MQ=255) aTTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACattatt < 2:2821162/91‑1 (MQ=255) aTTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAAACAGATTTAACattagg < 2:2230284/91‑3 (MQ=38) ttGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTAttt < 2:1496974/91‑1 (MQ=255) tGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTAtttt > 2:2997967/1‑91 (MQ=255) gATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTg < 1:318090/91‑1 (MQ=255) aTGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGa > 1:1116757/1‑91 (MQ=255) tGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGaa > 1:3597245/1‑91 (MQ=255) gTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAAt < 2:3815142/91‑1 (MQ=255) tttATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAAtt < 1:245436/91‑1 (MQ=255) ttattaATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAAttt < 1:913645/91‑1 (MQ=255) attaATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttca < 2:840701/91‑1 (MQ=255) ttaATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttcat < 2:789863/91‑1 (MQ=255) taAACGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttcatt < 1:299122/91‑1 (MQ=255) aaTCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttcattc > 2:4683/1‑91 (MQ=255) aTCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATttcattca < 2:3723776/91‑1 (MQ=255) tCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTtcattcat < 2:1602740/91‑1 (MQ=255) cGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTcattcatt > 1:3259714/1‑91 (MQ=255) gtgtCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTa > 2:3601998/1‑91 (MQ=255) gtgtCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTa < 1:2564083/91‑1 (MQ=255) gtCATTAGCATCTTTATTATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGa > 2:513566/1‑91 (MQ=255) tCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGAc < 2:2405200/91‑1 (MQ=255) tCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGAc < 2:3485359/91‑1 (MQ=255) tCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGAc < 1:1302959/91‑1 (MQ=255) cATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACt < 2:1272498/91‑1 (MQ=255) aTTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTa < 1:866116/91‑1 (MQ=255) ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt < 1:44821/91‑1 (MQ=255) ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt > 1:1463836/1‑91 (MQ=255) ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt < 2:2007816/91‑1 (MQ=255) ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt < 1:44694/91‑1 (MQ=255) ttAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTAt > 1:2977651/1‑91 (MQ=255) tAGCATCTTTAGAATTGCTTCTACGCGTATTTGAATCATCTCGTGTTAAATCTGTTTTAACAGTATTTTAAAGTTCATTCATTAGACTAtt < 2:2544098/91‑1 (MQ=255) aGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTa < 1:13837/91‑1 (MQ=255) aTCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTaaaa > 2:339795/1‑91 (MQ=255) tCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAt < 2:1349855/91‑1 (MQ=255) cTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAtg > 2:201200/1‑91 (MQ=255) cTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAtg < 2:2841082/91‑1 (MQ=255) ttATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAAtgtg < 1:1771218/91‑1 (MQ=255) tataATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATgtgt < 2:32432/91‑1 (MQ=255) tataATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATgtgt < 1:125332/91‑1 (MQ=255) ataATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTa < 1:624117/91‑1 (MQ=255) aaTTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAAt < 2:2935721/91‑1 (MQ=255) ttGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTTACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCg < 2:1118207/91‑1 (MQ=255) ttGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCg < 1:3809070/91‑1 (MQ=255) gCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgat < 1:269141/91‑1 (MQ=255) gCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgat < 1:278642/91‑1 (MQ=255) gCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgat > 1:1892499/1‑91 (MQ=255) cTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgatg < 2:290365/91‑1 (MQ=255) cTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgatg < 1:1219986/91‑1 (MQ=255) agtAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCgatgat > 2:2775454/3‑91 (MQ=255) aaTCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATggg > 2:1445551/1‑91 (MQ=255) aTCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGc > 1:823822/1‑91 (MQ=255) aTCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGc > 2:2093105/1‑91 (MQ=255) tCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCt < 1:2929416/91‑1 (MQ=255) cGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCtt > 2:2073806/1‑91 (MQ=255) cGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCtt < 1:1249465/91‑1 (MQ=255) gTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTg < 2:211646/91‑1 (MQ=255) gTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTg < 2:1376044/91‑1 (MQ=255) gTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTg > 2:2486264/1‑91 (MQ=255) gTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCAGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTg > 2:2244062/1‑91 (MQ=255) tATTCAAATCACCTAATGTTAAGTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGc < 2:2394032/91‑1 (MQ=255) tATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGc > 1:1550130/1‑91 (MQ=255) aTTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTCACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGCCTATTAAAATGTGTAATCGCTGATGGGCTTGCa > 2:2262348/1‑91 (MQ=255) tCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAAt > 1:1644879/1‑91 (MQ=255) tCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAAt < 2:1874707/91‑1 (MQ=255) tCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAAt < 2:2286137/91‑1 (MQ=255) tCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAAt > 2:2973278/1‑91 (MQ=255) cAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATc < 2:1224956/91‑1 (MQ=255) cAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATc > 2:3262514/1‑91 (MQ=255) aaaTCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGACTTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCt > 2:680744/1‑91 (MQ=255) aaaTCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCt > 1:103299/1‑91 (MQ=255) aaaTCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCt < 1:3292486/91‑1 (MQ=255) cACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt > 1:3628142/1‑91 (MQ=255) cACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt > 1:3740676/1‑91 (MQ=255) aaaatAATGTTAAAACAGATTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTAtt > 2:1115094/5‑91 (MQ=38) ccTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTgg < 1:685390/91‑1 (MQ=255) ccTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCACTCATTAGACTATTAACATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTCATTgg > 2:2457523/1‑91 (MQ=255) cTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGc < 2:3117347/91‑1 (MQ=255) cTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGc > 1:2282341/1‑91 (MQ=255) cTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGc < 1:351608/91‑1 (MQ=255) aaaTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCtt > 1:3115816/1‑91 (MQ=255) aaaTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCtt > 1:292347/1‑91 (MQ=255) aaTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTc > 1:1437137/1‑91 (MQ=255) aTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCa > 2:2844835/1‑91 (MQ=255) aTCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCa < 1:3090984/91‑1 (MQ=255) tCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCaa > 2:169169/1‑91 (MQ=255) tGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAGc < 1:230094/91‑1 (MQ=255) tGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAGc < 1:3235656/91‑1 (MQ=255) ttttAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAGcac > 1:3422093/1‑91 (MQ=255) | CTTGACCACTCAATTGATGTTTATTAATCGTGTCATTAGCATCTTTATAATTGCTTCTAATCGTATTCAAATCACCTAATGTTAAATCTGTTTTAACATTATTTTGAATTTCATTCATTAGACTATTAAAATGTGTAATCGATGATGGGCTTGCAATCTTATTGGCCATCGCTTCAAGCAC > USA300TCH1516_ALE/2428791‑2428971 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |