| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,448,479 | A→G | 6.4% | intergenic (‑238/+39) | yxeP_4 ← / ← hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,448,479 | 0 | A | G | 6.4% | 660.0 / 23.1 | 216 | intergenic (‑238/+39) | yxeP_4/hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (121/80); new base G (3/11); total (125/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.21e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATA > USA300TCH1516_ALE/2448389‑2448569 | tgtCAAACTATTCTAACTTTTATGATTGAGACTCTATCCAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTaaa < 2:2517770/91‑1 (MQ=255)tgtCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTaaa > 1:2906128/1‑91 (MQ=255)tgtCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTaaa > 1:2179040/1‑91 (MQ=255) tCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACa < 2:104850/91‑1 (MQ=255) cAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACAt < 2:3637738/91‑1 (MQ=255) aaaCTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCAAAACAtt > 1:1961694/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |