| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,448,484 | A→G | 9.7% | intergenic (‑243/+34) | yxeP_4 ← / ← hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,448,484 | 0 | A | G | 9.7% | 646.2 / 45.1 | 225 | intergenic (‑243/+34) | yxeP_4/hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (118/82); new base G (11/11); total (132/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
AACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTT > USA300TCH1516_ALE/2448394‑2448574 | aaCTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTa > 2:133920/1‑91 (MQ=255) ttCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACACAAAGCTCTAAACATTCGTTTa > 2:2935504/1‑91 (MQ=255) tAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAATAACGTGTTCTCGAGTATACTTGTTTTTTCAAACCACAACAAGCTCTACACGTTAGTTTtaat > 2:907297/1‑90 (MQ=255) tAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAAc < 2:1978632/91‑1 (MQ=255) tAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAAc > 2:3236044/1‑91 (MQ=255) tAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAAc > 1:1804360/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |