| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,448,498 | C→T | 11.9% | intergenic (‑257/+20) | yxeP_4 ← / ← hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,448,498 | 0 | C | T | 11.9% | 681.4 / 59.4 | 235 | intergenic (‑257/+20) | yxeP_4/hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (114/92); new base T (17/11); total (131/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGA > USA300TCH1516_ALE/2448408‑2448588 | ttATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGc > 2:3601734/1‑91 (MQ=255) tataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCt > 1:3742845/1‑91 (MQ=255) tataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCt > 1:1018053/1‑91 (MQ=255) tataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCt < 1:638432/91‑1 (MQ=255) tataATTGAGACTCTAAACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTAAAAAAAAAAAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCt < 2:1386713/91‑1 (MQ=255) ataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCtt < 2:6725/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |