Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,476,196 | T→A | 6.8% | Q20H (CAA→CAT) | tcaA ← | Membrane‑associated protein TcaA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,476,196 | 0 | T | A | 6.8% | 822.4 / 36.3 | 247 | Q20H (CAA→CAT) | tcaA | Membrane‑associated protein TcaA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (107/121); new base A (15/2); total (123/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.76e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CATTTTTCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCACCTCAATTCTGTTCCTCTTCAATT > USA300TCH1516_ALE/2476106‑2476286 | cATTTTTCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACAt < 1:97756/91‑1 (MQ=255) cATTTTTCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACAt > 2:3312864/1‑91 (MQ=255) cATTTTTCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACAt > 2:444015/1‑91 (MQ=255) ttttCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATtgt > 1:2695045/1‑91 (MQ=255) tttCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATtgtg < 1:726073/91‑1 (MQ=255) tttCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATtgtg < 2:2415524/91‑1 (MQ=255) ttCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTgtgt < 2:3329070/91‑1 (MQ=255) ttCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTgtgt > 2:1739278/1‑91 (MQ=255) tctcATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTa < 1:3404459/91‑1 (MQ=255) tctcATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTa < 1:3404509/91‑1 (MQ=255) tctcATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTa < 2:1513274/91‑1 (MQ=255) tctcATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTa < 2:3560133/91‑1 (MQ=255) ctctTCTTTATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTAc > 2:191968/1‑91 (MQ=255) ctcATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCAGATTGTGTAc > 1:3778171/1‑91 (MQ=255) 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tGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTg < 1:2006361/91‑1 (MQ=255) gATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGt < 1:1539948/91‑1 (MQ=255) gTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATAACTGTAca > 1:1970436/1‑91 (MQ=255) ttattaGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTAcat < 2:1326404/91‑1 (MQ=255) ttattaGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTAcat < 2:725527/91‑1 (MQ=255) ttattaGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTAcat > 1:1758640/1‑91 (MQ=255) tattaGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTAcatc < 1:90305/91‑1 (MQ=255) taGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACatcatc < 2:3852177/91‑1 (MQ=255) gTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCtt < 2:340298/91‑1 (MQ=255) tGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTtgtg < 2:2768574/91‑1 (MQ=255) gTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGc < 2:2099230/91‑1 (MQ=255) gTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGc < 2:2525328/91‑1 (MQ=255) tataTCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCt > 1:1667838/1‑91 (MQ=255) tatCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCttg < 2:660808/91‑1 (MQ=255) cTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCttgttg > 2:3081891/1‑91 (MQ=255) cTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCttgttg > 1:122428/1‑91 (MQ=255) cTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCttgttg > 1:2097890/1‑91 (MQ=255) ttCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTtgttgt < 1:1306610/91‑1 (MQ=255) tCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTc > 1:1915944/1‑91 (MQ=255) cATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTcc > 2:3193835/1‑91 (MQ=255) tCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGc > 2:167887/1‑91 (MQ=255) ggTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCAc < 2:3447431/91‑1 (MQ=255) gTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACt < 1:3719984/91‑1 (MQ=255) gTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACt < 2:3484935/91‑1 (MQ=255) 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aaTGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCa > 2:450195/1‑91 (MQ=255) gCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACCTATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATAc > 1:3339653/1‑91 (MQ=255) cTTGACGCCTATCCAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACt < 2:2089182/91‑1 (MQ=255) cgacTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCAc > 2:2143010/1‑91 (MQ=255) cgacTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCAc < 2:2654228/91‑1 (MQ=255) cgacTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCAc > 1:2132994/1‑91 (MQ=255) cgacTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCAc < 1:1003766/91‑1 (MQ=255) cTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCACCTc > 1:2310490/1‑91 (MQ=255) 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acacaATGTGGACATATCTGTTCATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCACCTCAATTCTGTTCCTCtt > 2:1614935/2‑91 (MQ=255) cacaTTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCACCTCAATTCTGTTCCTCTTc < 2:3249331/91‑1 (MQ=255) cacaATGTGGACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCACCTCAATTCTGTTCCTCTTc > 1:3533915/1‑91 (MQ=255) acaATGTGGACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCCCTTCGGGCAAGACTTCATACTTTCACCTCCATTCTGTCCCTCTTCa > 2:3934769/1‑91 (MQ=255) aTTGTGTACATATCTGTACTTCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCACCTCAATTCTGTTCCTCTTCAAt > 2:636746/1‑91 (MQ=255) ttGTGTACATATCTGTACATCATCCTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCACCTCAATTCTGTTCCTCTTCAAtt < 2:3685160/91‑1 (MQ=255) | CATTTTTCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCACCTCAATTCTGTTCCTCTTCAATT > USA300TCH1516_ALE/2476106‑2476286 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |