| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,476,201 | T→G | 11.4% | T19P (ACA→CCA) | tcaA ← | Membrane‑associated protein TcaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,476,201 | 0 | T | G | 11.4% | 763.2 / 90.3 | 254 | T19P (ACA→CCA) | tcaA | Membrane‑associated protein TcaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/120); new base G (27/2); total (132/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TTCTCATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACATATCTGTACATCATCTTGTGCTTGTTGTCCGCACTTCGGGCAAGATTTCATACTTTCACCTCAATTCTGTTCCTCTTCAATTGTTAT > USA300TCH1516_ALE/2476111‑2476291 | tctcATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTa < 1:3404509/91‑1 (MQ=255) ctcATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTAc < 1:1943243/91‑1 (MQ=255) tcATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTACACAATGTGGACa < 1:1370934/91‑1 (MQ=255) cATCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACat < 2:2901931/91‑1 (MQ=255) aTCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACata > 1:1332698/1‑91 (MQ=255) tCTTGATGTTATTAGTTTGTATATCTTCATCGGTTGACTTTCTATATAATGCTTGACGACTATCAAATTTATGTCCACATTGTGTACatat > 1:486390/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |