| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,514,671 | G→A | 43.6% | H54H (CAC→CAT) | narX ← | Nitrate reductase‑like protein NarX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,514,671 | 0 | G | A | 43.6% | 104.0 / 258.6 | 203 | H54H (CAC→CAT) | narX | Nitrate reductase‑like protein NarX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/54); new base A (47/41); total (108/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
ATGCTCAGACACACCCACTGCATCCATCCATGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAGTGAAATAATAAACTTCCCCACATCAACCTTTTTCTTTCTATTAATTCACTAGATTTAGCTGTCCAAGAAAATTTATCATAACGATAACGT > USA300TCH1516_ALE/2514584‑2514761 | aTGCTCAGACACACCCACTGCATCCATCCATGGTTTCGGTATTAACAATCCACCTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAATGa > 2:235457/1‑91 (MQ=255)aTGCTCAGACACACCCACTGCATCCATCCATGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAATGa > 2:232909/1‑91 (MQ=255) tGCTCAGACACACCCACTGCATCCATCCATGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAGTGaa < 1:2947580/91‑1 (MQ=255) cTCAGACACACCCACTGCATCCATCCATGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAATGAaat > 2:3694013/1‑91 (MQ=255) tCAGACACACCCACTGCATCCATCCATGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAATGAaata > 2:3204565/1‑91 (MQ=255) tCAGACACACCCACTGCATCCATCCATGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAATGAaata > 2:460060/1‑91 (MQ=255) 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tccatccaTGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAGTGAAATAATAAACTTCCCCACATCa < 2:437363/91‑1 (MQ=255) ccatccatGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAGTGAAATAATAAACTTCCCCACATCaa > 1:1719626/1‑91 (MQ=255) ccatccatGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAGTGAAATAATAAACTTCCCCACATCaa > 2:3357879/1‑91 (MQ=255) catccatGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAGTGAAATAATAAACTTCCCCACATCAAc < 2:2488873/91‑1 (MQ=255) catccatGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAATGAAATAATAAACTTCCCCACATCAAc < 1:2710358/91‑1 (MQ=255) atccatGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAGTGAAATAATAAACTTCCCCACATCAAcc < 1:3072728/91‑1 (MQ=255) atccatGGTTTCGGTATTAACAATCCAACTACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAATGAAATAATAAACTTCCCCACATCAAcc < 2:2770977/91‑1 (MQ=255) atccatGGTTTCGGTATTAACAATCCAAATACGTGTCCAAAAAACACTGGAATAATACCTAAATGAAATAATAAACTTCCCCACATCAAcc < 2:1732323/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |