BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	217,036	T→A	14.6%	intergenic (‑230/+23)	rocD2_1 ← / ← brnQ_1	Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	217,036	0	T	A	14.6%	698.0 / 103.0	248	intergenic (‑230/+23)	rocD2_1/brnQ_1	Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/75); new base A (15/21); total (151/97)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.73e-01

Only 100 of 259 total aligned reads displayed.

TACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAC  >  USA300TCH1516_ALE/216946‑217126

tACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGttt                                                                                            >  2:1535322/1‑91 (MQ=255)

 aCTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTa                                                                                           >  1:2735567/1‑91 (MQ=255)

    aaTATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACa                                                                                        <  1:198557/91‑1 (MQ=255)

    aaTATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACa                                                                                        >  1:180539/1‑91 (MQ=255)

     atatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCGGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACat                                                                                       >  1:2179989/1‑91 (MQ=255)

     atatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACat                                                                                       <  1:2748733/91‑1 (MQ=39)

     atatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACat                                                                                       >  2:2476719/1‑91 (MQ=255)

     atatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACat                                                                                       >  1:1700813/1‑91 (MQ=255)

     atagTTTTTGTGGATAAGCATTGAGATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTAAACat                                                                                       <  2:3324063/91‑1 (MQ=255)

        ttttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATg                                                                                    <  1:2311197/91‑1 (MQ=38)

         tttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATgc                                                                                   <  1:3580556/91‑2 (MQ=38)

         tttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATgc                                                                                   <  1:3758472/91‑2 (MQ=38)

            ttGTGGATAATCATTGATATGTCTGTATACGATTGTAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAAAATATGACtg                                                                                >  2:1341200/1‑91 (MQ=255)

             tgtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgt                                                                               >  2:193709/1‑91 (MQ=255)

             tgtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgt                                                                               <  1:2570251/91‑1 (MQ=255)

              gttgATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                              >  2:1032272/4‑91 (MQ=255)

                ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATGCTTGTGGc                                                                            <  1:1302467/91‑1 (MQ=25)

                ggAGAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGc                                                                            <  2:3943470/91‑1 (MQ=255)

                     aTCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGCAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGt                                                                       >  1:158834/1‑91 (MQ=255)

                        aTTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatt                                                                    >  1:2635160/1‑91 (MQ=255)

                        aTTAATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatt                                                                    <  2:3544849/91‑1 (MQ=255)

                          tGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtattat                                                                  >  2:3223785/1‑91 (MQ=255)

                           gATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATg                                                                 >  1:3887974/1‑91 (MQ=255)

                             tatgtatgTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCt                                                               <  1:141011/91‑1 (MQ=255)

                               tgtatgtaTACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtg                                                             >  1:2269847/1‑91 (MQ=255)

                               tgtatgtaTACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtg                                                             <  2:440314/91‑1 (MQ=255)

                                gtatgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtgt                                                            <  2:1705822/91‑1 (MQ=255)

                                 tatgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtgtg                                                           <  1:3555150/91‑1 (MQ=255)

                                  atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                          <  1:2516963/91‑1 (MQ=255)

                                  atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                          >  1:2979757/1‑91 (MQ=255)

                                   tgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGa                                                         >  2:2292070/1‑91 (MQ=255)

                                   tgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGa                                                         >  2:892417/1‑91 (MQ=255)

                                    gtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGaa                                                        <  2:2235054/91‑1 (MQ=255)

                                     tataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAt                                                       >  2:1175445/1‑91 (MQ=255)

                                        aCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAtttt                                                    >  2:2698161/1‑91 (MQ=255)

                                         cGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTa                                                   <  2:237951/91‑1 (MQ=255)

                                          gATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTAc                                                  <  2:859983/91‑1 (MQ=255)

                                          gATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTAc                                                  <  2:2463096/91‑1 (MQ=255)

                                           aTTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACg                                                 >  2:2846766/1‑91 (MQ=255)

                                           aTTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCAAAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGGATTTTACg                                                 >  2:1079794/1‑91 (MQ=255)

                                            ttGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGa                                                >  2:2613178/1‑91 (MQ=255)

                                             tgaaGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGAt                                               <  2:3880198/88‑1 (MQ=255)

                                             tGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGAt                                               >  1:3085161/1‑91 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAGCATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              >  1:3139837/1‑91 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              >  1:1704814/1‑91 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              >  2:1439709/1‑91 (MQ=255)

                                               cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCGACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                             <  1:3172566/91‑1 (MQ=255)

                                               cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                             <  1:1272565/91‑1 (MQ=255)

                                                aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt                                            >  1:3955344/1‑91 (MQ=255)

                                                aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATAAGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt                                            >  2:293742/1‑91 (MQ=255)

                                                 gTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCtt                                           >  2:3748471/1‑91 (MQ=255)

                                                     aaTGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtt                                       >  1:1745550/1‑91 (MQ=255)

                                                      aTGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAttt                                      >  1:1596120/1‑91 (MQ=255)

                                                        gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                    >  1:3718209/1‑91 (MQ=255)

                                                        gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                    >  1:1527879/1‑91 (MQ=255)

                                                        gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                    >  2:1192965/1‑91 (MQ=255)

                                                         tagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTtat                                   >  2:2130664/1‑91 (MQ=255)

                                                          agtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTtata                                  <  1:204458/91‑1 (MQ=255)

                                                           gtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataa                                 >  1:964077/1‑91 (MQ=255)

                                                           gtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataa                                 >  1:3622576/1‑91 (MQ=255)

                                                           gtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataa                                 >  1:2948423/1‑91 (MQ=255)

                                                           gtaTAAATAAAAAATGCCACGAGCATATGTTTAACATATGACTGGGGCATAGTATTATGCTTGAGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataa                                 <  2:2790513/91‑1 (MQ=255)

                                                             aTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaat                               >  2:186767/1‑91 (MQ=255)

                                                              tGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaata                              >  1:1624676/1‑91 (MQ=255)

                                                                aaTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat                            >  2:2975184/1‑91 (MQ=255)

                                                                  tAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGa                          <  2:3193660/91‑1 (MQ=255)

                                                                    aaaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAg                        >  2:1381460/1‑91 (MQ=255)

                                                                     aaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGc                       >  2:916708/1‑91 (MQ=255)

                                                                     aaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGc                       >  1:792715/1‑91 (MQ=255)

                                                                      aaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGcc                      >  1:1037474/1‑91 (MQ=255)

                                                                      aaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGcc                      >  1:2660083/1‑91 (MQ=255)

                                                                        aTGCCACACGCATATGTTTAACATATGACTGTGGAATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGa                    <  1:1123624/91‑1 (MQ=255)

                                                                        aTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGa                    >  1:2715350/1‑91 (MQ=255)

                                                                         tGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGAt                   >  1:1165178/1‑91 (MQ=255)

                                                                         tGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGAt                   >  1:3852784/1‑91 (MQ=255)

                                                                         tGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAACTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGAt                   >  2:3121546/1‑91 (MQ=255)

                                                                          gCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATa                  >  2:599970/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 >  1:2801128/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 >  1:595610/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 >  1:854649/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGGATTATGCCTGTGGACTTTTACGATGCTGAATTTTATAAATAATGCAGCCGATaa                 >  1:1520787/1‑91 (MQ=255)

                                                                            cacaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt                >  1:3739839/1‑91 (MQ=255)

                                                                            cacaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt                <  2:2804087/91‑1 (MQ=255)

                                                                               aaGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaa             <  1:704281/91‑1 (MQ=255)

                                                                                gtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa            >  1:3476950/3‑91 (MQ=38)

                                                                                gtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa            >  1:3379239/3‑91 (MQ=38)

                                                                                 gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           >  2:1282068/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  cATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAcc          <  1:1184629/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    tatGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACTATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa        <  1:3431082/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    tatGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa        >  1:3044809/1‑91 (MQ=39)

                                                                                    tatGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa        >  1:2537526/1‑91 (MQ=39)

                                                                                    tatGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa        >  2:1215800/1‑91 (MQ=39)

                                                                                     atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  2:3806795/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:2369896/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  2:2363932/1‑91 (MQ=39)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      <  2:3071442/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      <  1:2596844/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      >  2:773701/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       gTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCa     >  2:1563054/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        tttAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAGCaa    >  1:3055467/1‑91 (MQ=255)

TACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAC  >  USA300TCH1516_ALE/216946‑217126

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`