Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,530,786 | A→G | 10.6% | intergenic (‑37/+236) | yefM ← / ← bdbD | Antitoxin YefM/Disulfide bond formation protein D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,530,786 | 0 | A | G | 10.6% | 644.8 / 49.8 | 232 | intergenic (‑37/+236) | yefM/bdbD | Antitoxin YefM/Disulfide bond formation protein D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (102/103); new base G (3/22); total (107/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TGTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAATATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTC > USA300TCH1516_ALE/2530696‑2530876 | gTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACaaa > 2:645756/1‑91 (MQ=255) tCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAat > 1:1063881/1‑91 (MQ=255) cATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAata < 1:2256391/91‑1 (MQ=255) aTAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAGatat < 2:2667672/91‑1 (MQ=255) aTAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAGatat < 1:3718666/91‑1 (MQ=255) aaGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAGatattt < 1:826977/91‑3 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |