Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,538,744 | A→T | 11.6% | intergenic (‑258/+69) | gpmA_2 ← / ← fieF | 2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase/Ferrous‑iron efflux pump FieF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,538,744 | 0 | A | T | 11.6% | 805.3 / 83.1 | 272 | intergenic (‑258/+69) | gpmA_2/fieF | 2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase/Ferrous‑iron efflux pump FieF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/150); new base T (2/30); total (92/180) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.61e-01 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TCATAAATGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTAAACCTAAAAATAGATGTAATAAAAACGCCTCCTCAGATATTTATATATCTATGAAGACGTTTAAATACATTATAGATGGTCTGGTTCTGGG > USA300TCH1516_ALE/2538654‑2538834 | cATAAATGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTaaa < 1:2446030/91‑1 (MQ=255) tAAATGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTAAAcc < 1:2651377/91‑1 (MQ=255) aaaTGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTAAACCt < 1:3698514/91‑1 (MQ=255) taTGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTAAACCTa > 1:2903789/2‑91 (MQ=255) aaTGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTAAACCTa < 2:2596203/91‑1 (MQ=255) aTGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTAAACCTaa < 1:2646634/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |