| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 5,784 | A→G | 10.7% | intergenic (+301/‑1187) | cadX → / → USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 5,784 | 0 | A | G | 10.7% | 2474.5 / 244.4 | 899 | intergenic (+301/‑1187) | cadX/USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (457/340); new base G (90/6); total (552/347) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-02 | |||||||||||
Only 100 of 935 total aligned reads displayed.
GCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTGAATTA > CP000731/5694‑5874 | GCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCaa > 1:2081288‑M1/1‑91 (MQ=255)GCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCaa > 1:162397‑M1/1‑91 (MQ=255)GCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAAGAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCaa > 2:3111117‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAATTAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATACACACACTACTGCAAt < 2:821236‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAAt < 1:2948775‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATAGAAAAAATCCCAACACTACTGCAAt < 2:3839784‑M1/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |